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万見
- PDB-6l5d: Crystal structure of the gas vesicle protein GvpF from Anabaena s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l5d
タイトルCrystal structure of the gas vesicle protein GvpF from Anabaena sp. PCC7120
要素Gas vesicle protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / gas vesicle / cyanobacteria
機能・相同性gas vesicle / gas vesicle organization / Gas vesicle protein GvpL/GvpF / Gas vesicle synthesis protein GvpL/GvpF / Gas vesicle protein F
機能・相同性情報
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Cai, K. / Li, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0400900 中国
引用ジャーナル: Bmc Microbiol. / 年: 2020
タイトル: The model cyanobacteria Anabaena sp. PCC 7120 possess an intact but partially degenerated gene cluster encoding gas vesicles.
著者: Cai, K. / Xu, B.Y. / Jiang, Y.L. / Wang, Y. / Chen, Y. / Zhou, C.Z. / Li, Q.
履歴
登録2019年10月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gas vesicle protein
B: Gas vesicle protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5052
ポリマ－58,5052
非ポリマー00
水50428
1
A: Gas vesicle protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2521
ポリマ－29,2521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Gas vesicle protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2521
ポリマ－29,2521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.400, 147.087, 106.579
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Gas vesicle protein


分子量: 29252.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: gvpF / プラスミド: pET-29a-derived / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YUT3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.07 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 24900 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 2.875 / Num. unique obs: 2440 / Rsym value: 0.691 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QSG

4qsg


解像度: 2.55→44.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 9.491 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.368 / ESU R Free: 0.274
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2561 1268 5.1 %RANDOM
Rwork0.1957 ---
obs0.1987 23603 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 153.67 Å2 / Biso mean: 53.189 Å2 / Biso min: 27.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.89 Å2-0 Å20 Å2
2--1.66 Å2-0 Å2
3---2.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→44.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3962 0 0 28 3990
Biso mean---39.54 -
残基数----481
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0194052
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7091.9535476
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00538895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1745478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.64424.498209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.51315736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0661523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02966
LS精密化 シェル解像度: 2.554→2.62 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 86 -
Rwork0.276 1671 -
all-1757 -
obs--96.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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