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万見
- PDB-6l4v: Turning an asparaginyl endopeptidase into a peptide ligase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l4v
タイトルTurning an asparaginyl endopeptidase into a peptide ligase
要素Asparaginyl endopeptidase
キーワードHYDROLASE / AEP / Asparaginyl Endopeptidase / Peptide asparaginyl Ligase / PAL
機能・相同性
機能・相同性情報


legumain / vacuolar protein processing / proteolysis involved in protein catabolic process / cysteine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
: / Legumain, prodomain / Legumain prodomain superfamily / Asparaginyl endopeptidase / Peptidase C13, legumain / Peptidase C13 family
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Asparaginyl endopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Clitoria ternatea (チョウマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者El Sahili, A. / Lescar, J.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (Singapore)MOE2016-T3-1-003 シンガポール
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Turning an Asparaginyl Endopeptidase into a Peptide Ligase
著者: Hemu, X. / El Sahili, A. / Hu, S. / Zhang, X. / Serra, A. / Goh, B.C. / Darwis, D.A. / Chen, M.W. / Sze, S.K. / Liu, C.F. / Lescar, J. / Tam, J.P.
履歴
登録2019年10月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Asparaginyl endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1907
ポリマ－55,7741
非ポリマー4166
水9,656536
1
A: Asparaginyl endopeptidase
ヘテロ分子

A: Asparaginyl endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,38114
ポリマ－111,5482
非ポリマー83312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint24 kcal/mol
Surface area31290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.000, 133.800, 44.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Asparaginyl endopeptidase / Butelase 2A


分子量: 55773.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clitoria ternatea (チョウマメ)
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: A0A0P0QM28, legumain
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.2
詳細: 0.1M Sodium formate; 0.1M Ammonium acetate; 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.1M Potassium sodium tartrate tetrahydrate; 0.1M Sodium oxamate 0.1M Sodium HEPES; 0.1M MOPS 10% v/v ...詳細: 0.1M Sodium formate; 0.1M Ammonium acetate; 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.1M Potassium sodium tartrate tetrahydrate; 0.1M Sodium oxamate 0.1M Sodium HEPES; 0.1M MOPS 10% v/v Ethylene glycol; 8 % w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→19.75 Å / Num. obs: 103635 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05729 / Net I/σ(I): 14.16
反射 シェル解像度: 1.35→1.39 Å / Rmerge(I) obs: 1.58 / Mean I/σ(I) obs: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (3-OCT-2019)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5H0I

5h0i


解像度: 1.35→19.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU R Cruickshank DPI: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.053 / SU Rfree Blow DPI: 0.052 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.049
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1888 5182 -RANDOM
Rwork0.1744 ---
obs0.1751 103619 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3094 Å20 Å20 Å2
2--3.1705 Å20 Å2
3----1.8611 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数944 0 2327 536 3807
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0093405HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14604HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1177SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes585HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3405HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.65
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.3
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion419SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3923SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.39 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3071 104 -
Rwork0.2715 --
obs--96.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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