PDB-6l4b: Crystal structure of human WT NDRG3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l4b

タイトル

Crystal structure of human WT NDRG3

要素

Protein NDRG3

キーワード

SIGNALING PROTEIN / alpha/beta-hydrolase fold / NDRG3 / Unfolded helix

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cell growth / spermatogenesis / cell differentiation / signal transduction / extracellular exosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Kim, K.R. / Han, B.W.

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: Structural and Biophysical Analyses of Human N-Myc Downstream-Regulated Gene 3 (NDRG3) Protein.
著者: Kim, K.R. / Kim, K.A. / Park, J.S. / Jang, J.Y. / Choi, Y. / Lee, H.H. / Lee, D.C. / Park, K.C. / Yeom, Y.I. / Kim, H.J. / Han, B.W.

履歴

登録	2019年10月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月7日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_reflns_twin / Item: _pdbx_reflns_twin.diffrn_id
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l4b.cif.gz	335.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l4b.ent.gz	271.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6l4b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6l4b_validation.pdf.gz	462.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6l4b_full_validation.pdf.gz	470.2 KB	表示
XML形式データ	6l4b_validation.xml.gz	57 KB	表示
CIF形式データ	6l4b_validation.cif.gz	78.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/6l4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/6l4b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6l4gC 6l4hC 2xmqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6l4h-2 6l4h-1 4lca-d 3mgu-d 4k8c-d 4k8p-d 4kad-d 4xdz-d 4kes-1 5wms-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein NDRG3

B: Protein NDRG3

E: Protein NDRG3

F: Protein NDRG3

C: Protein NDRG3

D: Protein NDRG3

249 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein NDRG3

E: Protein NDRG3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
82.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Protein NDRG3

F: Protein NDRG3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.9 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Protein NDRG3

D: Protein NDRG3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	173.341, 100.150, 110.744
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.010, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein NDRG3 / N-myc downstream-regulated gene 3 protein 分子量: 41449.586 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NDRG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UGV2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 200 mM sodium citrate tribasic dehydrate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.1723
pseudo-merohedral	2	1	-h,-k,l	2	0.1769
pseudo-merohedral	3	1	-1/2H-3/2K, -1/2H+1/2K, -L	3	0.1945
pseudo-merohedral	4	1	-1/2H+3/2K, 1/2H+1/2K, -L	4	0.1289
pseudo-merohedral	5	1	1/2H+3/2K, 1/2H-1/2K, -L	5	0.1311
pseudo-merohedral	6	1	1/2H-3/2K, -1/2H-1/2K, -L	6	0.1963

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 95796 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 15.9

反射シェル

解像度: 2.2→2.24 Å / R_merge(I) obs: 0.641 / Num. unique obs: 4774

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2XMQ

2xmq

解像度: 2.2→46.671 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.036 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1848	4347	4.896 %
R_work	0.1677	-	-
all	0.169	-	-
obs	-	88790	92.228 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.604 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.683 Å²	-0 Å²	-19.234 Å²
2-	-	-5.101 Å²	-0 Å²
3-	-	-	8.784 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.671 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13134	0	0	319	13453

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	13419
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	12210
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.143	1.634	18252
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.3	1.567	28476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.084	5	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.682	24.386	684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.791	15	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.101	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.04	0.2	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	15066
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	2526
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.171	0.2	2864
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	11918
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.144	0.2	6471
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.062	0.2	5270
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	498
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.084	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.26	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.306	0.2	249
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.828	3.457	6756
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.828	3.457	6755
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.517	5.178	8424
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.516	5.179	8425
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.427	3.48	6662
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.427	3.48	6662
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.813	5.202	9828
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.812	5.202	9829
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.162	41.328	14684
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.155	41.331	14669

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.256	0.276	233	0.239	4227	X-RAY DIFFRACTION	62.8435
2.256-2.318	0.264	247	0.233	4698	X-RAY DIFFRACTION	71.5009
2.318-2.385	0.327	238	0.222	5013	X-RAY DIFFRACTION	78.4551
2.385-2.458	0.334	243	0.241	5373	X-RAY DIFFRACTION	86.2805
2.458-2.538	0.259	273	0.23	5684	X-RAY DIFFRACTION	94.0926
2.538-2.627	0.361	264	0.23	5761	X-RAY DIFFRACTION	98.496
2.627-2.726	0.2	280	0.201	5530	X-RAY DIFFRACTION	99.3502
2.726-2.837	0.236	247	0.187	5437	X-RAY DIFFRACTION	100.2469
2.837-2.963	0.158	313	0.179	5203	X-RAY DIFFRACTION	100.0181
2.963-3.107	0.212	266	0.163	4942	X-RAY DIFFRACTION	99.8658
3.107-3.274	0.19	218	0.172	4742	X-RAY DIFFRACTION	99.9798
3.274-3.472	0.161	252	0.159	4533	X-RAY DIFFRACTION	100.0418
3.472-3.71	0.164	183	0.138	4203	X-RAY DIFFRACTION	100.2973
3.71-4.006	0.112	216	0.125	3885	X-RAY DIFFRACTION	99.3459
4.006-4.385	0.121	208	0.129	3595	X-RAY DIFFRACTION	100.1316
4.385-4.898	0.151	174	0.121	3235	X-RAY DIFFRACTION	100
4.898-5.647	0.141	176	0.15	2899	X-RAY DIFFRACTION	99.9025
5.647-6.894	0.218	101	0.165	2500	X-RAY DIFFRACTION	100.077
6.894-9.658	0.195	125	0.129	1908	X-RAY DIFFRACTION	99.7057
9.658-46.671	0.134	90	0.184	1075	X-RAY DIFFRACTION	97.653

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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