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万見
- PDB-6l3s: Crystal structure of metallo-beta-lactamase IMP-27 from Morganell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l3s
タイトルCrystal structure of metallo-beta-lactamase IMP-27 from Morganella morganii
要素IMP-27 metallo-beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / metallo-beta-lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Morganella morganii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kato, Y. / Shimizu-Ibuka, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase IMP-27
著者: Kato, Y. / Shimizu-Ibuka, A.
履歴
登録2019年10月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMP-27 metallo-beta-lactamase
B: IMP-27 metallo-beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1396
ポリマ－50,8782
非ポリマー2624
水5,711317
1
A: IMP-27 metallo-beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5703
ポリマ－25,4391
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area10000 Å2
手法PISA
2
B: IMP-27 metallo-beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5703
ポリマ－25,4391
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area10040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.590, 71.250, 136.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 IMP-27 metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase IMP-27


分子量: 25438.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Morganella morganii (バクテリア)
遺伝子: blaIMP-27 / プラスミド: pLysS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A286S0G7
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.33 % / 解説: Plate
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: PEG 4000,Tris-HCl,magnesium chloride / PH範囲: 8.0-9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→68.11 Å / Num. all: 51881 / Num. obs: 51881 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.098 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 365524
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.797.20.4985332774380.9270.0220.0570.0523.7100
5.38-68.116.60.0521210018230.9980.0210.0550.05125.899.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.506
最高解像度最低解像度
Rotation68.11 Å1.84 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UBQ

4ubq


解像度: 1.7→39.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.1958 / WRfactor Rwork: 0.172 / FOM work R set: 0.8512 / SU B: 1.945 / SU ML: 0.064 / SU R Cruickshank DPI: 0.1024 / SU Rfree: 0.0959 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2002 2658 5.1 %RANDOM
Rwork0.1783 ---
obs0.1795 49146 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.89 Å2 / Biso mean: 17.914 Å2 / Biso min: 7.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→39.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3428 0 4 317 3749
Biso mean--15.08 23.84 -
残基数----436
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0133526
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6961.6334778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4491.5837640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2285436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.41824.545154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.47815614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.69156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2435
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023894
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02700
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 177 -
Rwork0.225 3559 -
all-3736 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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