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- PDB-6l2z: IlvC, a ketol-acid reductoisomerase, from Streptococcus pnuemonia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l2z
タイトルIlvC, a ketol-acid reductoisomerase, from Streptococcus pnuemoniae_D191G
要素Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
キーワードISOMERASE / IlvC / Stereptococcus pneumoniae / BCAA pathway / ketol-acid reductoisomerase / D191G
機能・相同性
機能・相同性情報


ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / NADP binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ketol-acid reductoisomerase, prokaryotic / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal / Ketol-acid reductoisomerase / Ketol-acid reductoisomerase, N-terminal / Acetohydroxy acid isomeroreductase, catalytic domain / Acetohydroxy acid isomeroreductase, NADPH-binding domain / KARI N-terminal domain profile. / KARI C-terminal domain profile. / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / AMMONIUM ION / Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae D39 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Gyuhee, K. / Donghyuk, S. / Sumin, L. / Jaesook, Y. / Sangho, L.
資金援助 韓国, 4件
組織認可番号国
Rural Development AdministrationPJ01367602 韓国
National Research Foundation (Korea)NRF-2018R1A2B6004367 韓国
National Research Foundation (Korea)NRF-2019R1A6A7076041 韓国
National Research Foundation (Korea)SRC-2017R1A5A1014560 韓国
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of IlvC, a Ketol-Acid Reductoisomerase, from Streptococcus Pneumoniae.
著者: Kim, G.H. / Shin, D.H. / Lee, S.M. / Yoon, J.S. / Lee, S.H.
履歴
登録2019年10月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
B: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5509
ポリマ－74,6682
非ポリマー1,8817
水9,944552
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14650 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area23660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.880, 104.511, 112.478
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) / KARI / Acetohydroxy-acid isomeroreductase / AHIR / Alpha-keto-beta-hydroxylacyl reductoisomerase / ...KARI / Acetohydroxy-acid isomeroreductase / AHIR / Alpha-keto-beta-hydroxylacyl reductoisomerase / Ketol-acid reductoisomerase type 1 / Ketol-acid reductoisomerase type I


分子量: 37334.195 Da / 分子数: 2 / 変異: D191G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae D39 (肺炎レンサ球菌)
株: D39 / NCTC 7466 / 遺伝子: ilvC, SPD_0406 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q04M32, ketol-acid reductoisomerase (NADP+)

-
非ポリマー , 5種, 559分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.1 M NaCl, 1.5 M ammonium sulfate, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→23.87 Å / Num. obs: 52903 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 28.86 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 54.6
反射 シェル解像度: 2.02→2.09 Å / Num. unique obs: 2650 / CC1/2: 0.993

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6L2I

6l2i


解像度: 2.02→23.87 Å / SU ML: 0.2029 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.7558
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 2682 5.09 %
Rwork0.2036 --
obs0.2057 52640 97.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→23.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4988 0 116 552 5656
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00745236
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87817098
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0539767
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057924
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.78284270
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.02-2.060.30341460.232604X-RAY DIFFRACTION98.78
2.06-2.10.24891380.2192652X-RAY DIFFRACTION99.57
2.1-2.140.26861610.21932611X-RAY DIFFRACTION99.75
2.14-2.190.26991460.21332628X-RAY DIFFRACTION99.61
2.19-2.240.26931390.21272673X-RAY DIFFRACTION99.29
2.24-2.290.2611240.20762651X-RAY DIFFRACTION99.14
2.29-2.350.23321460.212623X-RAY DIFFRACTION99.11
2.35-2.420.26121420.20782642X-RAY DIFFRACTION99.36
2.42-2.50.24941710.20932659X-RAY DIFFRACTION99.65
2.5-2.590.24871310.19672661X-RAY DIFFRACTION99.57
2.59-2.70.22371470.20752661X-RAY DIFFRACTION99.72
2.7-2.820.24041300.2062676X-RAY DIFFRACTION99.61
2.82-2.970.27821500.2142676X-RAY DIFFRACTION99.37
2.97-3.150.2711440.22372678X-RAY DIFFRACTION99.54
3.15-3.390.26081410.20272688X-RAY DIFFRACTION99.05
3.39-3.730.1961380.18362629X-RAY DIFFRACTION96.92
3.73-4.270.1941270.17562553X-RAY DIFFRACTION93.38
4.27-5.370.22721260.1872536X-RAY DIFFRACTION91.13
5.37-23.870.27871350.23682457X-RAY DIFFRACTION85.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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