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- PDB-6l2m: The structure of the tRNA-specific deaminase mutant from M. capricolum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l2m
タイトルThe structure of the tRNA-specific deaminase mutant from M. capricolum
要素Nucleoside deaminase family protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / tRNA-specific deaminase / protein engineering
機能・相同性Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / hydrolase activity / zinc ion binding / Nucleoside deaminase family protein
機能・相同性情報
生物種Mycoplasma capricolum subsp. capricolum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.30254929158 Å
データ登録者Xie, W. / Liu, H. / Wu, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870782 中国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: Structure of a tRNA-specific deaminase with compromised deamination activity.
著者: Liu, H. / Wu, S. / Ran, D. / Xie, W.
履歴
登録2019年10月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside deaminase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7843
ポリマ－17,6831
非ポリマー1012
水66737
1
A: Nucleoside deaminase family protein
ヘテロ分子

A: Nucleoside deaminase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5686
ポリマ－35,3672
非ポリマー2024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area15740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.589, 55.589, 109.227
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Nucleoside deaminase family protein / tRNA-specific deaminase


分子量: 17683.342 Da / 分子数: 1 / 変異: I19A,K20Q,H21L,N22G,S105D,Y106P,K146A, DEL(108-110) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma capricolum subsp. capricolum (バクテリア)
遺伝子: MCGM508_01875 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C2W6A5
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1.4M ammonium sulfate, 0.1M Sodium citrate pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 9158 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.7 % / Biso Wilson estimate: 42.6410606465 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 38.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 18.1 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 889 / CC1/2: 0.969 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6L2L

6l2l


解像度: 2.30254929158→48.141486171 Å / SU ML: 0.292331904948 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38105400115 / 位相誤差: 27.1589106138
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251408846831 469 5.14310779691 %
Rwork0.198421847872 8650 -
obs0.201104412273 9119 99.7811576759 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.0589077702 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.30254929158→48.141486171 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1147 0 3 38 1188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007296933155121165
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8127263881421569
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0540661923588188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00428985158862200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4852966091723
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3026-2.63570.2862538318491480.200394626782815X-RAY DIFFRACTION99.4629070158
2.6357-3.32060.3174239373841340.2270496603362877X-RAY DIFFRACTION99.900464499
3.3206-48.140.2269084246041870.1866038426392958X-RAY DIFFRACTION99.9682136046

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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