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- PDB-6l18: XFEL structure of T4dCH D179N mutant complex with natively expres... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l18
タイトルXFEL structure of T4dCH D179N mutant complex with natively expressed dTMP
要素Deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase
キーワードTRANSFERASE / XFEL / Room temperature / dTMP / Complex / Natively inhibited / Hydroxymethylase
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase / deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Deoxycytidylate hydroxymethylase / Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / Deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Park, S.H. / Song, H.K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: A host dTMP-bound structure of T4 phage dCMP hydroxymethylase mutant using an X-ray free electron laser.
著者: Park, S.H. / Park, J. / Lee, S.J. / Yang, W.S. / Park, S. / Kim, K. / Park, Z.Y. / Song, H.K.
履歴
登録2019年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine / refine_hist / refine_ls_shell / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine_hist.d_res_low / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3424
ポリマ－29,8701
非ポリマー4723
水1,08160
1
A: Deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子

A: Deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6848
ポリマ－59,7392
非ポリマー9446
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area7030 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area20950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.860, 74.970, 157.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase / Deoxycytidylate hydroxymethylase / dCMP hydroxymethylase / dCMP HMase


分子量: 29869.676 Da / 分子数: 1 / 変異: D179N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 42 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P08773, deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP


分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: small tubes / pH: 8.5
詳細: 2 ul of 1.0 M Tris-HCl pH 8.5 2 ul of 1.0 M NaI 17 ul of C6H5Na3 2H2O 10 ul of 40mg/ml D179N mutant protein

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: PAL-XFEL / ビームライン: NCI / 波長: 1.2782 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→40 Å / Num. obs: 27244 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 595.9 % / R split: 0.1914 / Net I/σ(I): 4.87
反射 シェル解像度: 1.88→1.95 Å / 冗長度: 176.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.51 / Num. unique obs: 2687 / R split: 0.3795 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementPulse duration: 30 fsec. / Pulse energy: 9.7 µJ
Serial crystallography data reductionFrames total: 22925

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.17 Å44.79 Å
Translation4.17 Å44.79 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER2.8.1位相決定
XDSデータ削減
PHENIX1.13-2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrystFELデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B5E

1b5e


解像度: 1.9→37.4923 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1905 1360 -
Rwork0.1691 --
obs-26554 100 %
原子変位パラメータBiso max: 138 Å2 / Biso mean: 58.2769 Å2 / Biso min: 38.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.4923 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2009 0 23 60 2092
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.9679 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.229 -
Rwork0.2108 -
obs-100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.186 Å / Origin y: 9.8896 Å / Origin z: 24.1111 Å
111213212223313233
T0.4424 Å2-0.0021 Å2-0.0019 Å2-0.4524 Å20.0053 Å2--0.4593 Å2
L0.9958 °20.4005 °20.1428 °2-0.9264 °20.0247 °2--1.4578 °2
S-0.0478 Å °0.0688 Å °0.1443 Å °-0.1335 Å °0.0312 Å °0.0394 Å °-0.1138 Å °0.0272 Å °0.0228 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 246
2X-RAY DIFFRACTION1allA301 - 460

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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