ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.8.1_1168精密化 | HKL-2000 | | データスケーリング | PDB_EXTRACT | 3.25 | データ抽出 | HKL-2000 | | データ収集 | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1AF2 解像度: 2.999→39.637 Å / FOM work R set: 0.7774 / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.6 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2846 | 683 | 5 % |
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Rwork | 0.2491 | 12987 | - |
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obs | 0.2508 | 13670 | 81.39 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 350.6 Å2 / Biso mean: 99.65 Å2 / Biso min: 27.85 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.999→39.637 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4115 | 0 | 5 | 43 | 4163 |
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Biso mean | - | - | 92.46 | 70.04 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 569 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.003 | 4232 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.838 | 5789 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.057 | 670 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.004 | 774 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d11.08 | 1463 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | % reflection obs (%) |
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2.9995-3.231 | 0.3245 | 72 | 0.3059 | 1210 | 39 | 3.231-3.5559 | 0.3281 | 133 | 0.2823 | 2295 | 73 | 3.5559-4.07 | 0.2999 | 154 | 0.2573 | 3000 | 95 | 4.07-5.1261 | 0.2404 | 165 | 0.2304 | 3183 | 99 | 5.1261-39.637 | 0.2893 | 159 | 0.2392 | 3299 | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 18.9432 Å / Origin y: -28.5695 Å / Origin z: 14.8816 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 1.0548 Å2 | -0.1384 Å2 | 0.0668 Å2 | - | 0.4492 Å2 | -0.2958 Å2 | - | - | 0.5177 Å2 |
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L | 2.7755 °2 | 0.5806 °2 | -0.9492 °2 | - | 2.1398 °2 | -1.2871 °2 | - | - | 2.6326 °2 |
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S | -0.6115 Å ° | 0.8796 Å ° | -0.5103 Å ° | -1.2029 Å ° | 0.2436 Å ° | -0.2402 Å ° | 1.0816 Å ° | -0.3403 Å ° | 0.1004 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA4 - 301 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA400 - 1043 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allB0 - 300 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allB1000 - 1044 | | | | | | | | |
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