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万見
- PDB-6kzh: 14-3-3 protein in Complex with CIC S173 phosphorylated peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kzh
タイトル14-3-3 protein in Complex with CIC S173 phosphorylated peptide
要素
  • 14-3-3 protein theta
  • CIC pS173 peptide
キーワードSIGNALING PROTEIN / 14-3-3 protein / CIC / phosphorylation / transcriptional regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / small GTPase-mediated signal transduction / social behavior / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Activation of BAD and translocation to mitochondria / protein targeting / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs ...negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / small GTPase-mediated signal transduction / social behavior / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Activation of BAD and translocation to mitochondria / protein targeting / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / 14-3-3 protein binding / substantia nigra development / learning / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / brain development / memory / transmembrane transporter binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / synapse / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
14-3-3 theta / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein ...14-3-3 theta / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein theta / Protein capicua homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.645 Å
データ登録者Wen, Y. / Shao, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of ChinaNO.31870132 中国
National Natural Science Foundation of ChinaNO.81741088 中国
National Natural Science Foundation of ChinaNO.31500051 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 14-3-3 protein in Complex with CIC S173 phosphorylated peptide
著者: Wen, Y. / Shao, Y.
履歴
登録2019年9月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein theta
C: CIC pS173 peptide
B: 14-3-3 protein theta
Q: CIC pS173 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6274
ポリマ－61,6274
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area22740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.169, 80.810, 107.064
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein theta / 14-3-3 protein T-cell / 14-3-3 protein tau / Protein HS1


分子量: 29857.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAQ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27348
#2: タンパク質・ペプチド CIC pS173 peptide / 8-mer from Protein capicua homolog


分子量: 955.970 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CIC, KIAA0306 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96RK0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.645→44.628 Å / Num. obs: 18361 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.645→2.74 Å / Rmerge(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 1800 / CC1/2: 0.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KZG

5kzg
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.645→44.628 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2736 1834 10 %
Rwork0.2154 --
obs0.2212 18344 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 194.1 Å2 / Biso mean: 81.0218 Å2 / Biso min: 41.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.645→44.628 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3723 0 0 0 3723
残基数----471
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6453-2.71680.40171390.3771125099
2.7168-2.79670.3521400.31841258100
2.7967-2.8870.40871380.30871238100
2.887-2.99020.38781390.30661253100
2.9902-3.10980.36471380.27631244100
3.1098-3.25130.31351380.2691242100
3.2513-3.42270.30551400.2431267100
3.4227-3.6370.31171410.231264100
3.637-3.91770.26321410.2021264100
3.9177-4.31170.28631420.1831283100
4.3117-4.93490.22361430.17571281100
4.9349-6.21480.25841450.22281309100
6.2148-44.6280.22291500.1782135799
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -69.3197 Å / Origin y: -0.6816 Å / Origin z: -2.95 Å
111213212223313233
T0.5618 Å2-0.0057 Å2-0.0423 Å2-0.4552 Å20.0418 Å2--0.4638 Å2
L2.6067 °20.259 °2-0.8221 °2-0.2505 °20.1561 °2--0.9768 °2
S0.0339 Å °-0.0758 Å °-0.2259 Å °0.0341 Å °-0.0861 Å °-0.0334 Å °0.3006 Å °-0.036 Å °0.041 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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