PDB-6kzb: Transglutaminase2 complexed with calcium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kzb

タイトル

Transglutaminase2 complexed with calcium

要素

Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase 2

キーワード

TRANSFERASE / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase 2

機能・相同性

機能・相同性情報

protein deamination / histone serotonyltransferase activity / histone dopaminyltransferase activity / peptide noradrenalinyltransferase activity / peptide histaminyltransferase activity / cellular response to serotonin / regulation of apoptotic cell clearance / protein-glutamine glutaminase activity / protein-glutamine glutaminase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.55 Å

データ登録者

Park, H.H. / Kim, C.M.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Competitive Binding of Magnesium to Calcium Binding Sites Reciprocally Regulates Transamidase and GTP Hydrolysis Activity of Transglutaminase 2.
著者: Jeong, E.M. / Lee, K.B. / Kim, G.E. / Kim, C.M. / Lee, J.H. / Kim, H.J. / Shin, J.W. / Kwon, M.A. / Park, H.H. / Kim, I.G.

履歴

登録	2019年9月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kzb.cif.gz	398.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kzb.ent.gz	319.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kzb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kzb_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kzb_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	6kzb_validation.xml.gz	73.9 KB	表示
CIF形式データ	6kzb_validation.cif.gz	98.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/6kzb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/6kzb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pygS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1kv3-3 1kv3-2 1ex0-d 6jfu-d 6je3-d 1fwg-1 1kv3-1 1ejr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (15)

登録構造単位

A: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase 2

B: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase 2

C: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase 2

ヘテロ分子

234 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase 2

ヘテロ分子

A: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
156 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase 2

C: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
156 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.080, 216.307, 166.263
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase 2 / Tissue transglutaminase / Transglutaminase C / TGase C / Transglutaminase H / TGase H / ...Tissue transglutaminase / Transglutaminase C / TGase C / Transglutaminase H / TGase H / Transglutaminase-2 / TGase-2 分子量: 77412.680 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P21980, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.28 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Potassium chloride, Magnesium acetate tetrahydrate, Sodium cacodylate, Polyethylene glycol 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 125 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.55→42.585 Å / Num. obs: 29265 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 10.9 % / R_sym value: 0.113 / Net I/σ(I): 8.95
反射シェル	解像度: 3.56→3.62 Å / Num. unique obs: 1454 / R_sym value: 0.391

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4PYG

4pyg

解像度: 3.55→42.585 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.893 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.864 / WR_factor R_free: 0.232 / WR_factor R_work: 0.207 / Average fsc free: 0.9057 / Average fsc work: 0.9225 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.714 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2619	1490	5.095 %
R_work	0.2266	27752	-
all	0.228	-	-
obs	-	29242	99.595 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.856 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.016 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.003 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.013 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.55→42.585 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15665	0	90	0	15755

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	16095
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	14619
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.676	1.648	21886
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.311	1.575	33862
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.603	5	1989
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.499	22.419	860
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.582	15	2620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.17	15	109
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	18074
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.029	0.02	3393
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	3435
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.26	0.2	15391
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	7752
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	8585
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.125	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.251	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.336	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.308	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.193	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.431	6.728	8007
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.431	6.729	8006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.724	10.078	9978
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.724	10.077	9979
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.799	6.764	8088
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.79	6.762	8080
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.949	10.093	11907
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.939	10.09	11895
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.545	77.622	17722
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.545	77.611	17720

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.55-3.641	0.351	123	0.284	1917	0.287	2118	0.839	0.877	96.3173	0.255
3.641-3.74	0.297	124	0.261	1976	0.263	2100	0.865	0.893	100	0.237
3.74-3.848	0.317	75	0.254	1939	0.256	2014	0.859	0.896	100	0.223
3.848-3.965	0.279	94	0.243	1863	0.245	1959	0.897	0.909	99.8979	0.213
3.965-4.094	0.245	105	0.227	1798	0.228	1903	0.92	0.926	100	0.2
4.094-4.237	0.239	78	0.211	1766	0.212	1844	0.931	0.939	100	0.188
4.237-4.395	0.238	78	0.196	1705	0.198	1783	0.929	0.943	100	0.175
4.395-4.572	0.209	91	0.197	1612	0.198	1703	0.949	0.947	100	0.172
4.572-4.773	0.208	107	0.182	1562	0.184	1669	0.941	0.949	100	0.161
4.773-5.003	0.237	81	0.194	1490	0.197	1571	0.929	0.939	100	0.174
5.003-5.269	0.229	66	0.208	1449	0.209	1515	0.927	0.94	100	0.184
5.269-5.584	0.281	70	0.226	1358	0.229	1428	0.9	0.927	100	0.202
5.584-5.962	0.291	61	0.224	1302	0.227	1363	0.911	0.915	100	0.197
5.962-6.429	0.327	81	0.254	1181	0.258	1262	0.88	0.901	100	0.231
6.429-7.027	0.286	50	0.26	1130	0.261	1180	0.891	0.922	100	0.233
7.027-7.83	0.294	71	0.237	993	0.241	1064	0.896	0.925	100	0.225
7.83-8.99	0.262	53	0.209	895	0.212	948	0.933	0.943	100	0.208
8.99-10.89	0.2	42	0.205	784	0.205	826	0.957	0.956	100	0.206
10.89-14.921	0.199	24	0.214	635	0.213	660	0.947	0.948	99.8485	0.223
14.921-42.585	0.357	16	0.349	397	0.35	429	0.929	0.899	96.2704	0.363

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