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万見
- PDB-6kz7: The crystal structure of BAF155 SWIRM domain and N-terminal elong... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kz7
タイトルThe crystal structure of BAF155 SWIRM domain and N-terminal elongated hSNF5 RPT1 domain complex: Chromatin remodeling complex
要素
  • SWI/SNF complex subunit SMARCC1
  • SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
キーワードTRANSCRIPTION / SWI-SNF COMPLEX / TUMOR SUPPRESSOR
機能・相同性
機能・相同性情報


single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / prostate gland development / bBAF complex / npBAF complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / nBAF complex / brahma complex / Tat protein binding / blastocyst hatching ...single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / prostate gland development / bBAF complex / npBAF complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / nBAF complex / brahma complex / Tat protein binding / blastocyst hatching / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / hepatocyte differentiation / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / XY body / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / positive regulation by host of viral transcription / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / nucleosome disassembly / germ cell nucleus / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / nuclear chromosome / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of myoblast differentiation / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / male germ cell nucleus / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / animal organ morphogenesis / positive regulation of cell differentiation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / kinetochore / fibrillar center / RMTs methylate histone arginines / DNA integration / nuclear matrix / p53 binding / insulin receptor signaling pathway / nervous system development / histone binding / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SMARCC, SWIRM-associated domain / SMARCC, N-terminal / : / SWIRM-associated domain at the N-terminal / SWIRM-associated domain at the C-terminal / MarR-like, BRCT and chromo domains module profile. / : / SWI/SNF Subunit INI1, DNA binding domain / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / SMARCC, C-terminal ...SMARCC, SWIRM-associated domain / SMARCC, N-terminal / : / SWIRM-associated domain at the N-terminal / SWIRM-associated domain at the C-terminal / MarR-like, BRCT and chromo domains module profile. / : / SWI/SNF Subunit INI1, DNA binding domain / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SANT domain profile. / SANT domain / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / BRCT domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 / SWI/SNF complex subunit SMARCC1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Lee, W. / Han, J. / Kim, I. / Park, J.H. / Joo, K. / Lee, J. / Suh, J.Y.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2017R1A2B2008483 韓国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: A Coil-to-Helix Transition Serves as a Binding Motif for hSNF5 and BAF155 Interaction.
著者: Han, J. / Kim, I. / Park, J.H. / Yun, J.H. / Joo, K. / Kim, T. / Park, G.Y. / Ryu, K.S. / Ko, Y.J. / Mizutani, K. / Park, S.Y. / Seong, R.H. / Lee, J. / Suh, J.Y. / Lee, W.
履歴
登録2019年9月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SWI/SNF complex subunit SMARCC1
B: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
C: SWI/SNF complex subunit SMARCC1
D: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0594
ポリマ－41,0594
非ポリマー00
水4,017223
1
A: SWI/SNF complex subunit SMARCC1
B: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5292
ポリマ－20,5292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9700 Å2
手法PISA
2
C: SWI/SNF complex subunit SMARCC1
D: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5292
ポリマ－20,5292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.232, 77.232, 207.242
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 SWI/SNF complex subunit SMARCC1 / BRG1-associated factor 155 / BAF155 / SWI/SNF complex 155 kDa subunit / SWI/SNF-related matrix- ...BRG1-associated factor 155 / BAF155 / SWI/SNF complex 155 kDa subunit / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily C member 1


分子量: 11195.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCC1, BAF155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92922
#2: タンパク質 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 / BRG1-associated factor 47 / BAF47 / Integrase interactor 1 protein / SNF5 homolog / hSNF5


分子量: 9333.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCB1, BAF47, INI1, SNF5L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12824
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化温度: 288 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: TACSIMATE, HEPES, PEC3350, MICROBATCH, TEMPERATURE 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→28.1 Å / Num. obs: 20987 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 5.43 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 20.16
反射 シェル解像度: 2.28→2.343 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 3.01 / Num. unique obs: 2069 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.28→28.1 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2003 1818 8.66 %
Rwork0.1661 --
obs0.1695 20987 99.87 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→28.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2876 0 0 223 3099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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