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- PDB-6kyj: Hybrid-Rubisco (rice RbcL and sorghum RbcS) in complex with sulfa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kyj
タイトルHybrid-Rubisco (rice RbcL and sorghum RbcS) in complex with sulfate ions
要素
  • Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
  • Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
キーワードPHOTOSYNTHESIS / CO2 assimilation / C4 plant / rice / Rubisco
機能・相同性
機能・相同性情報


photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / plastid / chloroplast / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. ...Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa (イネ)
Sorghum bicolor (タカキビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Matsumura, H. / Yoshizawa, T. / Tanaka, S. / Yoshikawa, H.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)19K07582 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)19H04735 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)18K06094 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)17H05732 日本
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2020
タイトル: Hybrid Rubisco with Complete Replacement of Rice Rubisco Small Subunits by Sorghum Counterparts Confers C 4 Plant-like High Catalytic Activity.
著者: Matsumura, H. / Shiomi, K. / Yamamoto, A. / Taketani, Y. / Kobayashi, N. / Yoshizawa, T. / Tanaka, S.I. / Yoshikawa, H. / Endo, M. / Fukayama, H.
履歴
登録2019年9月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
S: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
E: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
W: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
U: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
G: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
Y: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,45842
ポリマ－288,2438
非ポリマー3,21534
水24,0501335
1
A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
S: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子

A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
S: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,82722
ポリマ－144,1224
非ポリマー1,70518
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area14460 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area39390 Å2
手法PISA
2
E: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
W: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子

G: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
Y: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,72721
ポリマ－144,1224
非ポリマー1,60517
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area14450 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area40070 Å2
手法PISA
3
C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
U: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子

C: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
U: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,63520
ポリマ－144,1224
非ポリマー1,51316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area14510 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area39870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)223.790, 223.790, 108.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Space group name HallP4ab2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z
#3: y+1/2,-x+1/2,z
#4: x+1/2,-y+1/2,-z
#5: -x+1/2,y+1/2,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-678-

HOH

21A-758-

HOH

31A-820-

HOH

41A-831-

HOH

51C-717-

HOH

61C-722-

HOH

71C-806-

HOH

81C-810-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / RuBisCO large subunit


分子量: 52950.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 遺伝子: rbcL, PA064 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C510, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase small chain


分子量: 19110.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sorghum bicolor (タカキビ) / 遺伝子: RbcS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E3WDK7, ribulose-bisphosphate carboxylase
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 9.0), 0.2M lithium sulfate, 15%(w/v) polyethylene glycol 4000, and 10 %(w/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→48.58 Å / Num. obs: 299765 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 27.2 % / Biso Wilson estimate: 20.19 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1184 / Rpim(I) all: 0.02303 / Rrim(I) all: 0.1207 / Net I/σ(I): 23.31
反射 シェル解像度: 1.7→1.761 Å / Rmerge(I) obs: 1.138 / Mean I/σ(I) obs: 3.13 / Num. unique obs: 29707 / CC1/2: 0.82 / Rpim(I) all: 0.2335

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AXM

3axm


解像度: 1.7→48.58 Å / SU ML: 0.1591 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.1838
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1847 14987 5 %
Rwork0.1624 --
obs0.1635 299744 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17974 0 183 1335 19492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006718822
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.851725548
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05212677
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00563303
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.920715956
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.720.26264930.22969368X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.740.2634970.21799430X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.760.22594960.20949423X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.780.21654930.19019375X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.810.23064950.18739408X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.830.22084950.18669408X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.860.22494970.18569440X-RAY DIFFRACTION99.99
1.86-1.890.21474950.18199396X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.910.21594970.17499445X-RAY DIFFRACTION99.99
1.91-1.950.21044960.17739422X-RAY DIFFRACTION100
1.95-1.980.20634950.16959416X-RAY DIFFRACTION99.99
1.98-2.020.20774960.16829422X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.050.20774980.17229448X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.10.20684960.17039435X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.140.19124970.16459439X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.190.21524960.16849414X-RAY DIFFRACTION99.99
2.19-2.250.18114990.15879495X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.310.20384980.1639458X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.380.1954980.15889459X-RAY DIFFRACTION99.96
2.38-2.450.18934980.1619463X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.540.18675020.16249526X-RAY DIFFRACTION99.98
2.54-2.640.19844980.16529465X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.760.18225000.16459501X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.910.19945010.16789533X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.090.17235020.1649523X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.330.18885040.16349590X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.660.16835060.15899605X-RAY DIFFRACTION100
3.66-4.190.15185070.13439643X-RAY DIFFRACTION99.99
4.19-5.280.1435120.13519728X-RAY DIFFRACTION99.99
5.28-48.580.16455300.166810079X-RAY DIFFRACTION99.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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