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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ky1 | ||||||
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タイトル | Crystal structural of human glutathione-specific gamma-glutamylcyclotransferase 2 (ChaC2)mutant with Glutamate 83 replaced by Glutamine | ||||||
要素 | Glutathione-specific gamma-glutamylcyclotransferase 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / gamma-glutamylcyclotransferase / ChaC2 / GSH degradation / Domain Swapping. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutathione-specific gamma-glutamylcyclotransferase / glutathione specific gamma-glutamylcyclotransferase activity / gamma-glutamylcyclotransferase activity / Glutathione synthesis and recycling / glutathione catabolic process / glutathione biosynthetic process / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å | ||||||
データ登録者 | Nguyen, T.K.Y. / Han, B.W. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Glutathione specific gamma glutamylcyclotransferase 2 mutant with glutamate 83 replaced by Glutamine 著者: Nguyen, T.K.Y. / Han, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ky1.cif.gz | 217.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ky1.ent.gz | 175.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ky1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/6ky1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/6ky1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6k95S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20560.305 Da / 分子数: 3 / 変異: R82G, E83Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHAC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8WUX2, glutathione-specific gamma-glutamylcyclotransferase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 3 M sodium acetate trihydrate (pH 7.0) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 36804 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 42.521 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.08 Å / Rsym value: 0.563 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6K95 解像度: 2.04→31.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 7.58 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.038 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 118.19 Å2 / Biso mean: 59.567 Å2 / Biso min: 30.83 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.04→31.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.042→2.095 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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