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- PDB-6kxr: Crystal structure of wild type Alp1U from the biosynthesis of kin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kxr
タイトルCrystal structure of wild type Alp1U from the biosynthesis of kinamycins
要素Putative hydrolase
キーワードHYDROLASE / Hydrolyse epoxide / Cis-vicinal diol
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / Putative hydrolase / Putative hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces ambofaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45073679781 Å
データ登録者Zhang, L. / Yingli, Z. / De, B.C. / Zhang, C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China41606193 中国
National Natural Science Foundation of China31820103003 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Mutation of an atypical oxirane oxyanion hole improves regioselectivity of the alpha / beta-fold epoxide hydrolase Alp1U.
著者: Zhang, L. / De, B.C. / Zhang, W. / Mandi, A. / Fang, Z. / Yang, C. / Zhu, Y. / Kurtan, T. / Zhang, C.
履歴
登録2019年9月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative hydrolase
B: Putative hydrolase
C: Putative hydrolase
D: Putative hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,3385
ポリマ－148,2044
非ポリマー1341
水2,288127
1
A: Putative hydrolase
D: Putative hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1022
ポリマ－74,1022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area21310 Å2
手法PISA
2
B: Putative hydrolase
C: Putative hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2363
ポリマ－74,1022
非ポリマー1341
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area21380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.09, 101.58, 117.42
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Putative hydrolase / epoxy hydrolase Alp1U


分子量: 37050.914 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces ambofaciens (strain ATCC 23877 / 3486 / DSM 40053 / JCM 4204 / NBRC 12836 / NRRL B-2516) (バクテリア)
遺伝子: SAMT0137, SAMT0138 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q1RQU8, UniProt: A0A0K2AJY3*PLUS, epoxide hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MMT PH5.0, 25% PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97894 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97894 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45073679781→70.19 Å / Num. obs: 43063 / % possible obs: 99.35 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 46.6816931705 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.02819 / Net I/σ(I): 13.73
反射 シェル解像度: 2.451→2.538 Å / Rmerge(I) obs: 0.2004 / Num. unique obs: 4255 / CC1/2: 0.846

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692+SVN精密化
PHENIX1.9_1692+SVN精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45073679781→70.1866527268 Å / SU ML: 0.339490266101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3435988873 / 位相誤差: 24.1668710666
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234445837871 2052 4.76621838199 %
Rwork0.168676881612 --
obs0.171747585964 43053 99.3377941855 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.2833727776 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45073679781→70.1866527268 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9097 0 9 127 9233
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008184038640999365
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1091975783712747
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04312293125631337
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005088843414341678
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.56676825243342
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45073679781-2.50770.3099316812471230.2189417208212711X-RAY DIFFRACTION99.5433789954
2.5077-2.57050.3068264948291240.2083092047742691X-RAY DIFFRACTION99.4348286824
2.5705-2.640.3154748001341500.2104679825362709X-RAY DIFFRACTION99.3053143453
2.64-2.71770.2830512147531370.2103130366912679X-RAY DIFFRACTION99.4350282486
2.7177-2.80540.2766955569451540.2085805187492682X-RAY DIFFRACTION99.1955229101
2.8054-2.90560.2661525930491210.2091409981142724X-RAY DIFFRACTION99.6846531184
2.9056-3.0220.3274758899961250.2187618498262717X-RAY DIFFRACTION99.3011879804
3.022-3.15950.3174212918811430.2126451402542655X-RAY DIFFRACTION97.5933031043
3.1595-3.32610.2726371027541500.2132384705562722X-RAY DIFFRACTION99.9651931779
3.3261-3.53450.2595212740711510.1892460307772724X-RAY DIFFRACTION99.9652294854
3.5345-3.80740.2371779651191410.1669992829032765X-RAY DIFFRACTION99.8968717772
3.8074-4.19050.184031462281270.137964585982754X-RAY DIFFRACTION99.8959778086
4.1905-4.79670.1937402134951280.1267264898792795X-RAY DIFFRACTION99.795151929
4.7967-6.04280.1815970230371350.1501910727842749X-RAY DIFFRACTION97.7627118644
6.0428-70.18665272680.183872701321430.1354934225752924X-RAY DIFFRACTION99.3521218011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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