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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kwj | ||||||
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タイトル | A Crystal Structure of OspA mutant | ||||||
![]() | Outer surface protein A | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / Outer surface protein A / OspA | ||||||
機能・相同性 | Outer surface lipoprotein, Borrelia / Outer surface lipoprotein domain superfamily / Borrelia lipoprotein / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / cell surface / membrane / Outer surface protein A![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kiya, M. / Makabe, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: beta-Strand-mediated Domain-swapping in the Absence of Hydrophobic Core Repacking. 著者: Kiya, M. / Shiga, S. / Ding, P. / Koide, S. / Makabe, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25416.320 Da / 分子数: 1 変異: E37S,E45S,K46S,K48A,K60A,K64S,K83A,E104S,K107S,K117G,F126G,N127G,K239S,E240S,K254S 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680 / 遺伝子: ospA, BB_A15 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.07 % |
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結晶化 | 温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 26%PEG 400, 0.1M Imidozole, 16.1 mg/mL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→19.9 Å / Num. obs: 22185 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 26.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 28.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→1.99 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 11.6 / Num. unique obs: 1123 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2G8C 解像度: 1.94→19.9 Å / SU ML: 0.259 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.4942 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.09 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→19.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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