PDB-6kw0: The structure of EanB/Y353F-Cys412-persulfide in tetrahedral inte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kw0

タイトル

The structure of EanB/Y353F-Cys412-persulfide in tetrahedral intermediate state with ergothioneine

要素

Sulfurtransferase

キーワード

TRANSFERASE / intermediate / mutant / ergothioneine

機能・相同性

機能・相同性情報

thiosulfate sulfurtransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlorobium limicola (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Wu, L. / Liu, P.H. / Zhou, J.H.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of EanB/Y353F-Cys412-persulfide in tetrahedral intermediate state with ergothioneine
著者: Wu, L. / Liu, P.H. / Zhou, J.H.

履歴

登録	2019年9月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kw0.cif.gz	177.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kw0.ent.gz	144.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kw0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6kw0_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kw0_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6kw0_validation.xml.gz	30.6 KB	表示
CIF形式データ	6kw0_validation.cif.gz	41.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/6kw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/6kw0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ktz-d 2qb8-1 6uv1-1 6h9a-d 6h98-d 2qb6-1 6ku2-1 6ku2-2 6kvy-d 6qu2-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sulfurtransferase

B: Sulfurtransferase

ヘテロ分子

105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sulfurtransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
52.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sulfurtransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.206, 87.413, 92.106
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.800, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Sulfurtransferase 分子量: 52218.137 Da / 分子数: 2 / 変異: Y353F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlorobium limicola (バクテリア) 株: DSM 245 / NBRC 103803 / 6330 / 遺伝子: Clim_1149 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: B3ECE3

-
非ポリマー , 6種, 22分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-LW8 / trimethyl-[(2S)-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-3-(2-sulfanylidene-1,3-dihydroimidazol-4-yl)propan-2-yl]azanium / (S)-1-カルボキシ-N,N,N-トリメチル-2-(2-メルカプト-1H-イミダゾ-ル-4-イル)エタンアミニウム分子量: 230.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MES/imidazole pH6.5 0.03 M of each halide 12.5% PEG1000 12.5%PEG3350 12.5% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 23952 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.245 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2.79→2.84 Å / R_merge(I) obs: 1.614 / Num. unique obs: 1182

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→49 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2504	1083	4.99 %
R_work	0.196	-	-
obs	0.1988	21706	89 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6784	0	47	12	6843

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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