PDB-6kvr: Fatty acid amide hydrolase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kvr

タイトル

Fatty acid amide hydrolase

要素

Fatty acid amide hydrolase

キーワード

HYDROLASE / fatty acid

機能・相同性

amidase / indoleacetamide hydrolase activity / Amidase, conserved site / Amidases signature. / Amidase signature domain / Amidase signature (AS) superfamily / Amidase / amidase activity / Amidase

機能・相同性情報

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Min, C.A. / Yun, J.S. / Chang, J.H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Crystals / 年: 2019
タイトル: Comparison of Candida Albicans Fatty Acid Amide Hydrolase Structure with Homologous Amidase Signature Family Enzymes
著者: Min, C.A. / Yun, J.S. / Choi, E.H. / Hwang, U.W. / Cho, D.H. / Yoon, J.H. / Chang, J.H.

履歴

登録	2019年9月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kvr.cif.gz	293.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kvr.ent.gz	198 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kvr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kvr_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kvr_full_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示
XML形式データ	6kvr_validation.xml.gz	44.9 KB	表示
CIF形式データ	6kvr_validation.cif.gz	66.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/6kvr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/6kvr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4cxs-d 3dkh-d 2ih9-d 3fu8-d 5aj9-d 4kf2-d 2dfp-1 6dvv-d 3qpk-d 2hpd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fatty acid amide hydrolase

B: Fatty acid amide hydrolase

128 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.874, 68.753, 100.979
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.628, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質	Fatty acid amide hydrolase / Uncharacterized protein CaJ7.0332 分子量: 64128.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: CaJ7.0332, CaO19.5169 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G1UA68
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.78 %
結晶化	温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100mM Tris/HCl (pH 8.5), 200mM Lithium sulfate, 30% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9897 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月2日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9897 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 58215 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 29.83 Å² / CC_1/2: 0.9 / Net I/σ(I): 32.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / Num. unique obs: 5814 / CC_1/2: 0.899

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→28.11 Å / SU ML: 0.2445 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.0423
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2176	3894	3.44 %
R_work	0.171	109407	-
obs	0.1726	58195	98.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8962	0	0	609	9571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0077	9168
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9251	12434
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0541	1360
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0083	1614
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.2611	1230

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.22	0.3514	107	0.2466	3057	X-RAY DIFFRACTION	76.35
2.22-2.25	0.2997	140	0.2431	3898	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.28	0.2763	145	0.2367	4005	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.28-2.31	0.2833	141	0.2264	3941	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.31-2.34	0.2156	138	0.2205	3971	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.34-2.38	0.3022	142	0.2202	3950	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.38-2.42	0.2992	140	0.2202	3929	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.42-2.46	0.2847	139	0.2125	3949	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.46-2.5	0.2427	141	0.1995	3984	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.5-2.54	0.2534	145	0.196	3996	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.54-2.59	0.273	140	0.2113	3870	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.59-2.65	0.3169	140	0.1985	3969	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.65-2.7	0.2788	138	0.2095	3924	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.7-2.77	0.2651	141	0.203	3930	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.77-2.84	0.2711	143	0.2074	4010	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.84-2.91	0.2443	141	0.1914	3939	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.91-3	0.2272	140	0.1938	3973	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3-3.09	0.2231	143	0.1824	3972	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.09-3.2	0.2308	135	0.1857	3871	X-RAY DIFFRACTION	99.48
3.2-3.33	0.1984	142	0.1668	3947	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.33-3.48	0.172	141	0.1534	3981	X-RAY DIFFRACTION	99.45
3.48-3.67	0.1778	141	0.1489	3911	X-RAY DIFFRACTION	99.12
3.67-3.9	0.1932	139	0.1409	3943	X-RAY DIFFRACTION	99.2
3.9-4.2	0.1756	142	0.1346	3904	X-RAY DIFFRACTION	99.09
4.2-4.62	0.1812	140	0.1289	3930	X-RAY DIFFRACTION	99
4.62-5.28	0.1747	137	0.1318	3928	X-RAY DIFFRACTION	98.78
5.28-6.64	0.1927	137	0.1646	3893	X-RAY DIFFRACTION	99.14
6.64-28.11	0.188	136	0.1448	3832	X-RAY DIFFRACTION	96.31

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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