PDB-6ku5: Notothenia coriiceps TRAF5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ku5

タイトル

Notothenia coriiceps TRAF5

要素

TRAF5

キーワード

PROTEIN BINDING / TRAF / Tumor Necrosis Factor Receptor Association Factor / Notothenia coriiceps TRAF5

機能・相同性

Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Notothenia coriiceps (魚類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.299 Å

データ登録者

Park, H.H. / Kim, C.M.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Fish Shellfish Immunol. / 年: 2020
タイトル: Structural and biochemical characterization of TRAF5 from Notothenia coriiceps and its implications in fish immune cell signaling.
著者: Kim, C.M. / Jang, H. / Ha, H.J. / Kim, G.E. / Park, H.H.

履歴

登録	2019年8月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ku5.cif.gz	90.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ku5.ent.gz	66.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ku5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ku5_validation.pdf.gz	435 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ku5_full_validation.pdf.gz	443.6 KB	表示
XML形式データ	6ku5_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	6ku5_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/6ku5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/6ku5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2mls-d 3r5d-1 1d0g-d 2r5n-d 3rim-1 4odb-d 5hyv-1 1uf4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRAF5

B: TRAF5

46.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TRAF5

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
69.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TRAF5

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.544, 85.544, 148.598
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質	TRAF5 分子量: 23066.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Notothenia coriiceps (魚類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.26 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20%(w/v) PEG-6000, 0.1M HEPES pH 7.0, 0.2M Sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 125 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.299→42.81 Å / Num. obs: 9935 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.5 % / R_sym value: 0.201 / Net I/σ(I): 19.16
反射シェル	解像度: 3.299→7.39 Å / Num. unique obs: 639 / R_sym value: 1.704

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.299→42.804 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.895 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.867 / WR_factor R_free: 0.258 / WR_factor R_work: 0.225 / SU B: 28.523 / SU ML: 0.47 / Average fsc free: 0.865 / Average fsc work: 0.892 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.572 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2865	984	9.908 %
R_work	0.2461	8947	-
all	0.25	-	-
obs	-	9931	99.769 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.209 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.061 Å²	0.031 Å²	0 Å²
2-	-	0.061 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.198 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.299→42.804 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3052	0	0	0	3052

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	3118
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	2788
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.404	1.635	4236
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.529	1.573	6457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.09	5	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.444	23.38	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.733	15	488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.649	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	408
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	626
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	741
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.244	0.2	2579
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.206	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.012	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.434	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.409	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.748	8.928	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.724	8.928	1629
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.346	13.388	2034
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.347	13.391	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.949	9.046	1488
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.947	9.04	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.572	13.474	2202
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.574	13.474	2202
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.675	107.209	3470
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.674	107.231	3471

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.299-3.384	0.398	69	0.327	628	0.333	710	0.724	0.785	98.169	0.303
3.384-3.476	0.386	67	0.273	604	0.283	671	0.757	0.841	100	0.254
3.476-3.576	0.307	68	0.278	623	0.281	691	0.847	0.843	100	0.25
3.576-3.686	0.357	63	0.267	590	0.276	653	0.83	0.862	100	0.234
3.686-3.806	0.35	67	0.267	589	0.275	656	0.842	0.869	100	0.236
3.806-3.938	0.263	60	0.244	548	0.246	608	0.908	0.904	100	0.206
3.938-4.085	0.323	57	0.238	555	0.245	612	0.866	0.915	100	0.198
4.085-4.251	0.292	57	0.197	516	0.207	573	0.905	0.932	100	0.165
4.251-4.438	0.205	56	0.191	512	0.192	568	0.924	0.935	100	0.168
4.438-4.652	0.252	53	0.213	472	0.217	525	0.898	0.924	100	0.178
4.652-4.9	0.279	53	0.203	466	0.211	519	0.903	0.93	100	0.179
4.9-5.193	0.261	47	0.213	436	0.217	485	0.922	0.941	99.5876	0.187
5.193-5.546	0.304	45	0.243	414	0.25	459	0.941	0.916	100	0.218
5.546-5.982	0.343	46	0.263	382	0.271	428	0.818	0.891	100	0.235
5.982-6.54	0.299	41	0.289	369	0.29	410	0.854	0.876	100	0.257
6.54-7.291	0.286	37	0.282	322	0.282	359	0.886	0.895	100	0.253
7.291-8.378	0.224	32	0.248	309	0.246	341	0.945	0.923	100	0.237
8.378-10.164	0.205	28	0.223	246	0.221	274	0.95	0.947	100	0.23
10.164-13.985	0.297	24	0.221	219	0.227	243	0.923	0.958	100	0.238
13.985-42.804	0.321	14	0.364	147	0.361	161	0.826	0.904	100	0.372

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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