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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ku5 | ||||||
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タイトル | Notothenia coriiceps TRAF5 | ||||||
要素 | TRAF5 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / TRAF / Tumor Necrosis Factor Receptor Association Factor / Notothenia coriiceps TRAF5 | ||||||
機能・相同性 | Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Notothenia coriiceps (魚類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.299 Å | ||||||
データ登録者 | Park, H.H. / Kim, C.M. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Fish Shellfish Immunol. / 年: 2020 タイトル: Structural and biochemical characterization of TRAF5 from Notothenia coriiceps and its implications in fish immune cell signaling. 著者: Kim, C.M. / Jang, H. / Ha, H.J. / Kim, G.E. / Park, H.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ku5.cif.gz | 90.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ku5.ent.gz | 66.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ku5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ku5_validation.pdf.gz | 435 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ku5_full_validation.pdf.gz | 443.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ku5_validation.xml.gz | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ku5_validation.cif.gz | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/6ku5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/6ku5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23066.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Notothenia coriiceps (魚類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.26 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20%(w/v) PEG-6000, 0.1M HEPES pH 7.0, 0.2M Sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 125 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.299→42.81 Å / Num. obs: 9935 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.5 % / Rsym value: 0.201 / Net I/σ(I): 19.16 |
反射 シェル | 解像度: 3.299→7.39 Å / Num. unique obs: 639 / Rsym value: 1.704 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.299→42.804 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / WRfactor Rfree: 0.258 / WRfactor Rwork: 0.225 / SU B: 28.523 / SU ML: 0.47 / Average fsc free: 0.865 / Average fsc work: 0.892 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.572 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 80.209 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.299→42.804 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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