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万見
- PDB-6kty: Crystal structure of the flagellar cap protein FliD from Bdellovi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kty
タイトルCrystal structure of the flagellar cap protein FliD from Bdellovibrio bacteriovorus
要素Flagellar hook-associated protein 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Bacterial flagellar cap protein
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum filament cap / bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Flagellar hook-associated protein 2, N-terminal / Flagellar hook-associated protein 2, C-terminal / Flagellar hook-associated protein 2 / Flagellar hook-associated protein 2 N-terminus / Flagellar hook-associated protein 2 C-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar hook-associated protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Cho, S.Y. / Yoon, S.I.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)2019R1A2C1002100 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the flagellar cap protein FliD from Bdellovibrio bacteriovorus.
著者: Cho, S.Y. / Song, W.S. / Yoon, S.I.
履歴
登録2019年8月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar hook-associated protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2191
ポリマ－21,2191
非ポリマー00
水97354
1
A: Flagellar hook-associated protein 2

A: Flagellar hook-associated protein 2

A: Flagellar hook-associated protein 2

A: Flagellar hook-associated protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8754
ポリマ－84,8754
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area9110 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area29160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.811, 97.811, 83.057
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Flagellar hook-associated protein 2 / HAP2 / Flagellar cap protein


分子量: 21218.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus (strain ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100) (バクテリア)
株: ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100 / 遺伝子: fliD, Bd0610 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6MQ71
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: ammonium sulfate, MES, PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→30 Å / Num. obs: 13863 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 46.5
反射 シェル解像度: 1.99→2.02 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / Num. unique obs: 694 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.99→30 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25733 682 -
Rwork0.21593 --
obs0.21801 13174 98 %
原子変位パラメータBiso mean: 37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1331 0 0 54 1385
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.041 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 60 -
Rwork0.247 949 -
obs--99.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4227-1.2124-0.25351.3905-0.1630.75850.1362-0.02910.29450.0261-0.0604-0.0551-0.13970.0446-0.07580.1209-0.0326-0.01610.0819-0.03510.171313.78910.46213.947
24.235-2.7821-0.17757.4854-0.08370.7432-0.02430.14570.05950.1861-0.0733-0.50450.05070.11690.09750.1094-0.0027-0.02290.1715-0.01660.096133.75-2.7112.541
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A74 - 105
2X-RAY DIFFRACTION1A186 - 256
3X-RAY DIFFRACTION2A106 - 185

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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