PDB-6ks1: Crystal structure of the human adiponectin receptor 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ks1

タイトル

Crystal structure of the human adiponectin receptor 2

要素

Adiponectin receptor protein 2
The heavy chain variable domain (Antibody)
The light chain variable domain (Antibody)

キーワード

MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / membrane protein / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

adiponectin binding / adipokinetic hormone receptor activity / adiponectin-activated signaling pathway / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / vascular wound healing / fatty acid oxidation / hormone-mediated signaling pathway / glucose homeostasis / signaling receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Tanabe, H. / Fujii, Y. / Nakamura, Y. / Hosaka, T. / Okada-Iwabu, M. / Iwabu, M. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. / Yamauchi, T. / Kadowaki, T. / Yokoyama, S.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Human adiponectin receptor AdipoR1 assumes closed and open structures.
著者: Tanabe, H. / Fujii, Y. / Okada-Iwabu, M. / Iwabu, M. / Kano, K. / Kawana, H. / Hato, M. / Nakamura, Y. / Terada, T. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. / Kawano, Y. / Yamamoto, M. / Aoki, J. / ...

履歴

登録	2019年8月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2020年8月19日	ID: 3WXW
改定 1.0	2020年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ks1.cif.gz	282.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ks1.ent.gz	188.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ks1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ks1_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ks1_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	6ks1_validation.xml.gz	24.1 KB	表示
CIF形式データ	6ks1_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/6ks1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/6ks1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6krzC 6ks0C 3wxv PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lxg-d 6ks0-d 5lxa-d 5lx9-d 6krz-2 6krz-3 5lwy-d 4f63-d 6tii-1 6al2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (3)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (3)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (2)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Adiponectin receptor protein 2

H: The heavy chain variable domain (Antibody)

L: The light chain variable domain (Antibody)

ヘテロ分子

60.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.580, 101.030, 108.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁
Space group name Hall	P22ab(y,z,x)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Adiponectin receptor protein 2 / Progestin and adipoQ receptor family member 2 / Progestin and adipoQ receptor family member II 分子量: 33097.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADIPOR2, PAQR2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q86V24

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体	The heavy chain variable domain (Antibody) 分子量: 13160.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体	The light chain variable domain (Antibody) 分子量: 11647.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 210分子

#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₄O₂
#6: 化合物	ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#7: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#8: 化合物	ChemComp-LPX / (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate / ヘキサデカン酸(S)-3-[(2-アミノエトキシホスホニル)オキシ]-2-ヒドロキシプロピル分子量: 453.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₁H₄₄NO₇P
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6 / 詳細: PEG 400, potassium citrate, sodium citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→19.5162 Å / Num. obs: 32174 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.512 % / B_iso Wilson estimate: 48.1 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.115 / R_rim(I) all: 0.13 / Χ²: 0.987 / Net I/σ(I): 8.55

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.4-2.5	4.545	1.258	1.23	3687	0.525	1.432	99.4
2.5-2.6	4.532	0.917	1.6	3142	0.655	1.043	99.1
2.6-2.7	4.535	0.704	2.11	2693	0.71	0.802	99.2
2.7-2.8	4.556	0.537	2.67	2349	0.833	0.61	98.9
2.8-2.9	4.538	0.401	3.45	1999	0.917	0.454	99.3
2.9-3	4.526	0.322	4.16	1790	0.942	0.365	99
3-3.5	4.542	0.185	6.94	6064	0.977	0.209	98.4
3.5-4	4.479	0.09	13.14	3426	0.993	0.102	97.7
4-5	4.514	0.056	19.6	3421	0.997	0.063	97.5
5-6	4.46	0.047	21.56	1532	0.998	0.052	97.4
6-8	4.417	0.043	22.96	1218	0.998	0.049	96.4
8-20	4.151	0.032	28.36	853	0.998	0.036	92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WXV

3wxv
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.4→19.5162 Å / SU ML: 0.4291 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.059

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2671	2952	4.99 %
R_work	0.2287	-	-
obs	0.2306	32174	95.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.5162 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4053	0	201	201	4455

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	4407
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.531	5933
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0397	615
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0035	735
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.372	3049

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.44	0.4846	129	0.3824	2429	X-RAY DIFFRACTION	86.45
2.44-2.48	0.3555	136	0.3576	2535	X-RAY DIFFRACTION	91.13
2.48-2.53	0.4042	138	0.3638	2606	X-RAY DIFFRACTION	93.02
2.53-2.57	0.3809	144	0.3759	2655	X-RAY DIFFRACTION	95.73
2.57-2.63	0.3863	143	0.3655	2683	X-RAY DIFFRACTION	96.42
2.63-2.68	0.3751	145	0.3298	2756	X-RAY DIFFRACTION	97.32
2.68-2.75	0.4186	139	0.3286	2716	X-RAY DIFFRACTION	97.21
2.75-2.81	0.3438	143	0.3157	2728	X-RAY DIFFRACTION	97.42
2.81-2.89	0.3484	141	0.3168	2707	X-RAY DIFFRACTION	97.17
2.89-2.98	0.3563	141	0.2826	2763	X-RAY DIFFRACTION	97.32
2.98-3.07	0.3127	141	0.2709	2712	X-RAY DIFFRACTION	97.17
3.07-3.18	0.3404	140	0.2524	2709	X-RAY DIFFRACTION	96.94
3.18-3.31	0.3438	148	0.2492	2697	X-RAY DIFFRACTION	96.8
3.31-3.46	0.2557	148	0.2371	2724	X-RAY DIFFRACTION	96.83
3.46-3.64	0.2535	138	0.2109	2673	X-RAY DIFFRACTION	95.78
3.64-3.86	0.2122	147	0.1916	2682	X-RAY DIFFRACTION	95.96
3.86-4.16	0.1919	135	0.1849	2699	X-RAY DIFFRACTION	95.68
4.16-4.57	0.2195	137	0.1654	2689	X-RAY DIFFRACTION	96.02
4.57-5.22	0.2152	139	0.1711	2692	X-RAY DIFFRACTION	96
5.22-6.54	0.2114	141	0.1918	2698	X-RAY DIFFRACTION	96.14
6.54-19.52	0.2175	139	0.1921	2638	X-RAY DIFFRACTION	94.2

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.14728135673	0.490056541231	0.0630741831219	1.61848387955	0.30229933674	0.558437494052	0.0869229186525	0.398417932278	0.755017468056	-0.380109032849	-0.0351257602992	-0.0965960003579	-0.178943863356	0.159614260034	-0.00175337845207	0.228191924002	-0.177318386569	0.110894829227	0.32171986237	0.177156026862	2.05655947597	21.4436487553	32.9561643031	23.8047985744
2	1.72685664944	-1.33017893411	-0.277757952431	1.08260336155	0.473160376867	0.793843500257	-0.273451723218	-0.220695475879	0.871155170996	0.50350690033	-0.1797425909	-0.387149773656	-0.182329079758	-0.254502822199	-0.326989616907	0.445905907605	0.234682241011	-0.341878192163	0.112634596616	0.0454839150412	2.29693240662	13.9053793498	51.4722767717	32.5792966908
3	2.04467341265	-0.162297800251	-0.648491022082	3.83916281415	-0.984691974415	2.53065567142	0.352172995014	0.439826813275	0.558161899337	0.11789752649	-0.397227965793	0.698557029673	-0.403680169181	-0.0712601203524	0.0990420395836	0.462565257637	-0.00728391378506	-0.0574316161979	0.525728073936	0.0412258960525	1.56153829032	4.57852689462	40.4113952948	21.4390665144
4	0.394342476885	1.6215621129	0.103917843521	6.82617781751	-0.110471534004	1.68362844011	0.143750686925	0.424621028347	1.1102962914	-0.487248342462	-0.461638326732	-0.278860140643	-0.543148278271	-0.0910019568593	0.322719825272	0.541209646951	0.0383427174796	-0.102467350417	0.473791022753	0.261444009746	2.15402337679	14.1258866428	58.6127227448	20.2221718418
5	4.32991053356	0.45744670386	1.39718901454	5.33680498127	-2.2521648332	1.92434321803	-0.0922041808821	-0.138659878235	-0.791559169849	0.252819485725	0.148673663703	0.846096170621	0.638053924525	-0.115655748874	-0.0293815438882	0.38994173425	-0.0947459564564	-0.0139177520162	0.461381031303	-0.000621200569608	1.27655981311	19.6677797575	-11.4517007239	28.0915144235
6	4.51921119651	-2.7086567467	0.870597204576	2.21406396593	-1.17046586337	0.880786679121	0.118047084144	0.441883803409	-0.192111406829	-0.22203309143	0.192195945955	1.09843835923	0.147133944656	-0.140912898015	-0.225662629292	0.524886986204	0.0223005344904	-0.123814077445	0.385516548966	-0.0779766779726	1.72016880437	14.5215631404	0.763575666341	24.1021935552
7	2.7547418834	-1.42901368485	2.3384219302	8.4703610513	-2.11323140355	8.02955549334	-0.310784818108	-0.0646934968563	-0.277469568737	-0.218154893801	-0.19537570482	0.41766295734	0.125022254208	-0.0917167648486	0.361032645498	0.439923954037	0.0434640555813	0.0402369940498	0.331423748459	-0.0196028906921	1.3212389538	26.0857137937	-2.52571019428	29.4643730435
8	3.3152265061	1.82615363799	-1.99922004689	2.15764008511	0.305537724612	2.90792095583	0.375940271008	-0.0397578705911	0.135702535082	-0.063256399108	0.307050572829	-0.133120088999	0.357490769267	0.816613447849	-0.275608817051	0.340680857541	0.108896634143	-0.131068167128	0.485842916014	-0.181884618535	1.55571169199	30.1172557933	-1.34145488053	29.9618747662
9	7.68813035936	-1.48865137259	2.58481153649	2.01478540147	-1.13184894325	6.36397416963	0.511762475792	0.786501124493	-0.267529737389	-1.00548087417	-0.300539092978	-0.10788748879	0.249485932254	0.251081999295	-0.220839274996	0.569952790438	0.0162513084833	0.0616648676624	0.399650044908	-0.103092257258	1.20942259114	27.0677974315	0.00998160084191	18.7712534601
10	1.99978959275	-1.66467757926	4.25689544035	1.71268669005	-1.64602549769	2.42633606438	0.021091952115	0.680726141315	-0.136362285689	-1.08259610902	0.0345437895322	1.02536801397	0.106034234366	-0.0963205987815	-0.135713196846	0.539896776426	-0.0758585048075	-0.349308182639	0.386643068487	-0.134038401085	1.55525858854	17.0585126287	-4.30990343992	19.6358535104
11	0.601133957423	-0.723206448985	1.15130916426	3.26949751872	-0.409794773784	3.07035060823	0.344329565922	0.234754570376	0.111442772677	-0.233067636213	0.114447521661	-0.585493514622	0.610177413009	0.572563585437	-0.367491459752	0.448987599664	0.0106737104092	-0.000984233498547	0.306238334387	-0.0366004752257	1.57998070776	28.6958991446	-9.38323523533	27.6433411555
12	0.00966535208426	-0.0230298536842	0.118309366132	1.80198108014	-0.157018312728	1.44001132903	0.221637968389	0.317646219173	-0.229906130459	0.147620770708	-0.0432904548397	0.506080585882	-0.0353884334033	-0.450106317271	-0.0791424935335	0.253565620417	0.0866603983562	0.088054937066	0.334346133065	-0.0191296734544	1.4668387248	20.0829066966	5.42752610628	32.5071866667
13	3.77328586051	-4.50603212406	-1.82542194229	9.13446806487	3.61927605117	4.98366897693	-0.299450876581	-0.0847236548644	-0.204028786106	0.189554219844	0.211857968547	-0.1359228881	0.586091280643	0.219904240236	-0.0143070183396	0.464221920508	0.0606538378546	0.0420558427193	0.315671675286	0.102417603342	1.55264678709	27.5468441439	-18.5617023651	29.8961101597
14	2.60173136438	-2.16994811798	3.56174906391	2.82365615436	-3.58302921414	5.2439439101	-0.0011478243892	0.379110972565	0.137312339229	-0.337833462979	-0.350567960217	-0.717352058736	0.45240969072	1.1903288215	0.396298839306	0.460074341085	0.0305649827881	0.11570185226	0.559191070433	-0.0196126772183	1.64113356583	38.8960169695	6.11516155202	38.9402842194
15	1.55695777999	-0.701265241128	2.20112196902	1.98661659562	-0.930795763699	3.1863682701	0.124651055483	-0.452958065682	0.191877233089	0.118289309173	-0.216140240963	-0.330503974509	-0.100620643761	0.589454746877	-0.0338470088453	0.402749310683	-0.027890451383	-0.0177977691042	0.376644042751	-0.000751351169566	1.3064430915	33.3858596448	6.21762919255	52.6366679804
16	1.28955241158	0.314367459069	0.673640547515	1.9949037083	0.554517983322	0.437937896267	0.0672763156062	0.0446208463698	0.0302283622607	0.216586715349	-0.169010928365	-0.252178034673	-0.134068312855	0.166759737035	0.115048439168	0.274239570834	-0.167988767284	-0.0611985352502	0.186470016984	0.0823780732175	1.52714014408	30.7064233625	11.2824626645	37.6014147647
17	6.23369962668	1.83572386115	1.48202103385	2.34157410456	1.47663217691	3.78284933148	0.143279515535	-0.317682764066	-0.947221334609	0.166954354512	0.11173161763	0.675734763521	1.06607533904	-0.24485616939	-0.388029933137	0.466708473325	-0.0320368921054	-0.0993165968315	0.341515898552	0.0202727290774	1.02560126063	21.9585257254	-0.201555346499	42.6217470292
18	5.81877704025	1.98230945583	-4.3580391218	6.10753848934	-5.89952221282	9.44748863345	-0.190082119903	-0.368128904112	0.852680020578	0.357694349546	0.308803576671	0.627150725651	-0.0959943054514	-0.559807980116	-0.154302390101	0.374520558654	0.049865144054	0.0306507801326	0.363877548841	-0.0845116580826	1.1972386334	20.5545386438	13.3137087212	44.5521000158
19	9.1706206171	7.85906612628	-7.49759795342	8.03826873392	-6.90298272914	6.29930451909	0.181003701078	-0.379719378166	0.908844370932	0.339664238438	-0.264997842298	-0.264806829198	-0.365859498779	0.558712864501	-0.0288015442054	0.370608487984	0.0119692557002	-0.0462994446684	0.438531776345	0.017760038866	1.2529187978	31.571955239	14.2948186031	45.8428279482
20	9.66699652434	5.65500167137	0.544150440748	8.71329032834	-1.73275821781	7.20358998635	0.30669222785	-0.379282297766	0.175395108782	0.151147794703	0.0693221950436	0.810760803585	0.175363396481	-1.11356392755	-0.332353570966	0.556903422789	-0.0894197395525	0.044118723286	0.676799190249	0.00733672947667	1.38008130625	22.7668381947	3.11795774261	55.6822583877
21	1.58934450433	0.0511815159066	1.12326643378	1.37662544058	-0.0275781412779	4.0821183407	0.0148029816054	0.23592010153	0.342102695123	-0.0820025748686	-0.0639623746719	-0.597527466079	0.309337417263	0.519773126513	-0.0383738835084	0.247332641372	0.00537505772283	0.00799585414377	0.331708399327	-0.00482100615018	1.26846011321	31.6910488127	6.56259664092	35.1554181629
22	4.70308949703	2.82443254096	-6.2421297061	2.85590080691	-3.5850987338	8.30751823105	-0.260872981506	-0.638450192577	-0.988422318697	0.205626554789	-0.291651161229	-0.191115705187	1.23425017889	0.570538932879	0.467893338637	0.53643608683	0.00873689526231	-0.0472201201698	0.470973611664	-0.0282058585358	1.21352306876	30.4135723809	-2.01422413471	53.7047550347

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 176 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 177 through 309 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 310 through 346 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 347 through 383 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 1 through 17 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 18 through 33 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 34 through 40 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 41 through 51 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 52 through 73 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 74 through 83 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 84 through 98 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 99 through 111 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 112 through 119 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'L' and (resid 1 through 9 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'L' and (resid 10 through 25 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'L' and (resid 26 through 38 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'L' and (resid 39 through 48 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'L' and (resid 49 through 61 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'L' and (resid 62 through 75 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'L' and (resid 76 through 83 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'L' and (resid 84 through 101 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'L' and (resid 102 through 107 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

-
非ポリマー , 6種, 210分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-抗体 , 2種, 2分子 HL

-非ポリマー , 6種, 210分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

-
非ポリマー , 6種, 210分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)