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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6krc | ||||||
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タイトル | An X-ray structure of ferric F43Y/F46S sperm whale myoglobin | ||||||
要素 | Myoglobin | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE / myoglobin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physeter macrocephalus (マッコウクジラ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å | ||||||
データ登録者 | Yuan, H. / Lin, Y.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020 タイトル: A Catalytic Binding Site Together with a Distal Tyr in MyoglobinAffords Catalytic Efficiencies Similar to Natural Peroxidases. 著者: Zhang, P. / Yuan, H. / Xu, J. / Wang, X.J. / Gao, S.Q. / Tan, X. / Lin, Y.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6krc.cif.gz | 106.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6krc.ent.gz | 66.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6krc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6krc_validation.pdf.gz | 799.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6krc_full_validation.pdf.gz | 802 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6krc_validation.xml.gz | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6krc_validation.cif.gz | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/6krc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/6krc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17190.855 Da / 分子数: 1 / 変異: F43Y, F46S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Physeter macrocephalus (マッコウクジラ) 遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG8000, 0.1 M NaAc, 0.1 M MES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.39→50 Å / Num. obs: 31430 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 14.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.39→1.42 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.762 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2147 / Rpim(I) all: 0.482 / % possible all: 96.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5XKV 解像度: 1.39→30.72 Å / SU ML: 0.1146 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 14.9515
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.39→30.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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