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- PDB-6kr8: Structure of the beta2 adrenergic receptor in the full agonist bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kr8
タイトルStructure of the beta2 adrenergic receptor in the full agonist bound state
要素beta 2 adrenergic receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G-protein coupled receptor / b2AR / full agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / negative regulation of smooth muscle contraction / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / norepinephrine binding / heat generation / Adrenoceptors / positive regulation of lipophagy ...positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / negative regulation of smooth muscle contraction / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / norepinephrine binding / heat generation / Adrenoceptors / positive regulation of lipophagy / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of multicellular organism growth / adrenergic receptor signaling pathway / endosome to lysosome transport / response to psychosocial stress / diet induced thermogenesis / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / bone resorption / positive regulation of bone mineralization / potassium channel regulator activity / neuronal dense core vesicle / brown fat cell differentiation / intercellular bridge / regulation of sodium ion transport / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / receptor-mediated endocytosis / response to cold / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / mitotic spindle / Clathrin-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / microtubule cytoskeleton / G alpha (s) signalling events / transcription by RNA polymerase II / early endosome / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / lysosome / receptor complex / Ub-specific processing proteases / endosome / positive regulation of MAPK cascade / ciliary basal body / cilium / apical plasma membrane / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) ...Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2 adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Imai, S. / Shimada, I.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
Japan Society for the Promotion of Science 日本
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / : 2020
タイトル: Structural equilibrium underlying ligand-dependent activation of beta2-adrenoreceptor.
著者: Imai, S. / Yokomizo, T. / Kofuku, Y. / Shiraishi, Y. / Ueda, T. / Shimada, I.
履歴
登録2019年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta 2 adrenergic receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5581
ポリマ-38,5581
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area19400 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 beta 2 adrenergic receptor


分子量: 38557.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07550*PLUS
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-15N HSQC
133isotropic12D 1H-15N HSQC
144isotropic12D 1H-15N HSQC
155isotropic12D 1H-15N HSQC
166isotropic12D 1H-15N HSQC
177isotropic12D 1H-15N HSQC
188isotropic12D 1H-15N HSQC
199isotropic12D 1H-15N HSQC
11010isotropic12D 1H-15N HSQC
11111isotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
micelle120 mM HEPES, 100 uM [2,3,3-2H,15N]-Leu beta 2 adrenergic receptor (A59C-MTSL), 95% H2O/5% D2OA59C-MTSL (paramagnetic)95% H2O/5% D2O
micelle220 mM HEPES, 100 uM [2,3,3-2H,15N]-Leu beta 2 adrenergic receptor (A59C-MTSL), 1 mM ascorbate, 95% H2O/5% D2OA59C-MTSL (diamagnetic)95% H2O/5% D2O
micelle320 mM HEPES, 100 uM [2,3,3-2H,15N]-Leu beta 2 adrenergic receptor (T136C-MTSL), 95% H2O/5% D2OT136C-MTSL (paramagnetic)95% H2O/5% D2O
micelle420 mM HEPES, 100 uM [2,3,3-2H,15N]-Leu beta 2 adrenergic receptor (T136C-MTSL), 1 mM ascorbate, 95% H2O/5% D2OT136C-MTSL (diamagnetic)95% H2O/5% D2O
micelle520 mM HEPES, 100 uM [2,3,3-2H,15N]-Leu beta 2 adrenergic receptor (N148C-MTSL), 95% H2O/5% D2ON148C-MTSL (paramagnetic)95% H2O/5% D2O
micelle620 mM HEPES, 100 uM [2,3,3-2H,15N]-Leu beta 2 adrenergic receptor (N148C-MTSL), 1 mM ascorbate, 95% H2O/5% D2ON148C-MTSL (diamagnetic)95% H2O/5% D2O
micelle720 mM HEPES, 100 uM [2,3,3-2H,15N]-Leu beta 2 adrenergic receptor (L266C-MTSL), 95% H2O/5% D2OL266C-MTSL (paramagnetic)95% H2O/5% D2O
micelle820 mM HEPES, 100 uM [2,3,3-2H,15N]-Leu beta 2 adrenergic receptor (L266C-MTSL), 1 mM ascorbate, 95% H2O/5% D2OL266C-MTSL (diamagnetic)95% H2O/5% D2O
micelle920 mM HEPES, 100 uM [2,3,3-2H,15N]-Leu beta 2 adrenergic receptor (I334C-MTSL), 95% H2O/5% D2OI334C-MTSL (paramagnetic)95% H2O/5% D2O
micelle1020 mM HEPES, 100 uM [2,3,3-2H,15N]-Leu beta 2 adrenergic receptor (I334C-MTSL), 1 mM ascorbate, 95% H2O/5% D2OI334C-MTSL (diamagnetic)95% H2O/5% D2O
micelle1120 mM HEPES, 100 uM [2,3,3-2H,15N]-Leu beta 2 adrenergic receptor (I334C-MTSL), 95% H2O/5% D2Ob2AR-D95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMHEPESnatural abundance1
100 uMbeta 2 adrenergic receptor (A59C-MTSL)[2,3,3-2H,15N]-Leu1
20 mMHEPESnatural abundance2
100 uMbeta 2 adrenergic receptor (A59C-MTSL)[2,3,3-2H,15N]-Leu2
1 mMascorbatenatural abundance2
20 mMHEPESnatural abundance3
100 uMbeta 2 adrenergic receptor (T136C-MTSL)[2,3,3-2H,15N]-Leu3
20 mMHEPESnatural abundance4
100 uMbeta 2 adrenergic receptor (T136C-MTSL)[2,3,3-2H,15N]-Leu4
1 mMascorbatenatural abundance4
20 mMHEPESnatural abundance5
100 uMbeta 2 adrenergic receptor (N148C-MTSL)[2,3,3-2H,15N]-Leu5
20 mMHEPESnatural abundance6
100 uMbeta 2 adrenergic receptor (N148C-MTSL)[2,3,3-2H,15N]-Leu6
1 mMascorbatenatural abundance6
20 mMHEPESnatural abundance7
100 uMbeta 2 adrenergic receptor (L266C-MTSL)[2,3,3-2H,15N]-Leu7
20 mMHEPESnatural abundance8
100 uMbeta 2 adrenergic receptor (L266C-MTSL)[2,3,3-2H,15N]-Leu8
1 mMascorbatenatural abundance8
20 mMHEPESnatural abundance9
100 uMbeta 2 adrenergic receptor (I334C-MTSL)[2,3,3-2H,15N]-Leu9
20 mMHEPESnatural abundance10
100 uMbeta 2 adrenergic receptor (I334C-MTSL)[2,3,3-2H,15N]-Leu10
1 mMascorbatenatural abundance10
20 mMHEPESnatural abundance11
100 uMbeta 2 adrenergic receptor (I334C-MTSL)[2,3,3-2H,15N]-Leu11
試料状態イオン強度: 0 mM / Label: condition_1 / pH: 6.5 / PH err: 0.1 / : 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
TopSpinBruker Biospinchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospinpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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