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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kr5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of O-Acetyl Serine Sulfhydrylase isoform 3 from Entamoeba histolytica | ||||||
![]() | Cysteine synthase 3 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / O-acetylserine sulphydralase / Cysteine synthase transferase O-acetyl-L-serine(thiol)lyase | ||||||
機能・相同性 | ![]() cysteine synthase / hydrogen sulfide biosynthetic process / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dharavath, S. / Gourinath, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of O-Acetylserine sulfhydralase (OASS) isoform 3 from Entamoeba histolytica: Pharmacophore-based virtual screening and validation of novel inhibitors. 著者: Dharavath, S. / Vijayan, R. / Kumari, K. / Tomar, P. / Gourinath, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 156.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 120.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2pqmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36491.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CS 3, CL6EHI_060340, EHI_060340 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.46 % / 解説: rod shaped |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M PCTP buffer, 25% PEG 1500 / PH範囲: 4.0 - 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193.15 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 92112 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.83 / Rpim(I) all: 0.27 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 2.1 / Net I/av σ(I): 2 / Net I/σ(I): 44 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4544 / CC1/2: 0.83 / Rrim(I) all: 0.92 / Χ2: 0.7 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2PQM 解像度: 1.544→29.366 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.82 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.73 Å2 / Biso mean: 28.4354 Å2 / Biso min: 15.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.544→29.366 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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