PDB-6kr1: ATP dependent protease HslV from Staphylococcus aureus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kr1

タイトル

ATP dependent protease HslV from Staphylococcus aureus

要素

ATP-dependent protease subunit HslV

キーワード

HYDROLASE / Threonine prtease / HslUV / bacterial proteasome

機能・相同性

機能・相同性情報

HslU-HslV peptidase / HslUV protease complex / proteasome core complex / threonine-type endopeptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ha, N.-C. / Jeong, S.

引用

ジャーナル: Mol.Cells / 年: 2020
タイトル: Cleavage-Dependent Activation of ATP-Dependent Protease HslUV from Staphylococcus aureus .
著者: Jeong, S. / Ahn, J. / Kwon, A.R. / Ha, N.-C.

履歴

登録	2019年8月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kr1.cif.gz	507.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kr1.ent.gz	337.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kr1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kr1_validation.pdf.gz	536.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kr1_full_validation.pdf.gz	552.8 KB	表示
XML形式データ	6kr1_validation.xml.gz	79.5 KB	表示
CIF形式データ	6kr1_validation.cif.gz	110.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/6kr1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/6kr1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kuiC 6kwwC 1yyfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jmc-3 4biz-3 4biy-1 5mfc-1 5ak0-d 2w68-d 6ndj-1 5jmc-4 5jmc-1 6upu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (7) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (6) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (5) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: ATP-dependent protease subunit HslV

B: ATP-dependent protease subunit HslV

C: ATP-dependent protease subunit HslV

D: ATP-dependent protease subunit HslV

E: ATP-dependent protease subunit HslV

F: ATP-dependent protease subunit HslV

G: ATP-dependent protease subunit HslV

H: ATP-dependent protease subunit HslV

I: ATP-dependent protease subunit HslV

J: ATP-dependent protease subunit HslV

K: ATP-dependent protease subunit HslV

L: ATP-dependent protease subunit HslV

ヘテロ分子

249 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-dependent protease subunit HslV

F: ATP-dependent protease subunit HslV

L: ATP-dependent protease subunit HslV

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, The major conformation of HslV is trimer that determined by Multi-Angle Light Scattering
62.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ATP-dependent protease subunit HslV

G: ATP-dependent protease subunit HslV

H: ATP-dependent protease subunit HslV

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: ATP-dependent protease subunit HslV

D: ATP-dependent protease subunit HslV

I: ATP-dependent protease subunit HslV

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

E: ATP-dependent protease subunit HslV

J: ATP-dependent protease subunit HslV

K: ATP-dependent protease subunit HslV

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.304, 94.304, 227.374
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂
Space group name Hall	P3₂
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3

#1: タンパク質	ATP-dependent protease subunit HslV 分子量: 20703.564 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain Mu50 / ATCC 700699) (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: hslV, clpQ, SAV1253 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P65796, HslU-HslV peptidase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 991 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.65 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES:NaOH, Lithium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 150435 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 23.48 Å² / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 7367 / R_pim(I) all: 0.26 / R_rim(I) all: 0.526 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PHENIX	1.16_3549	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YYF

1yyf

解像度: 2→33.16 Å / SU ML: 0.3074 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.18 / 位相誤差: 27.4435
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2659	6166	4.9 %
R_work	0.2163	119619	-
obs	0.2187	125785	82.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→33.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15548	0	45	991	16584

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0014	15754
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.3777	21212
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0419	2467
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0011	2731
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.0719	9478

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.02	0.4468	18	0.2591	435	X-RAY DIFFRACTION	8.99
2.02-2.05	0.3706	37	0.3007	616	X-RAY DIFFRACTION	12.78
2.05-2.07	0.3469	43	0.302	925	X-RAY DIFFRACTION	19.22
2.07-2.1	0.289	39	0.3011	1399	X-RAY DIFFRACTION	27.7
2.1-2.12	0.349	89	0.2977	2012	X-RAY DIFFRACTION	42.24
2.12-2.15	0.3837	129	0.2938	2697	X-RAY DIFFRACTION	55
2.15-2.18	0.3395	227	0.2827	3332	X-RAY DIFFRACTION	70.38
2.18-2.22	0.3172	167	0.2751	3921	X-RAY DIFFRACTION	79.98
2.22-2.25	0.3474	247	0.2803	4164	X-RAY DIFFRACTION	86.49
2.25-2.29	0.3704	226	0.2684	4402	X-RAY DIFFRACTION	91.3
2.29-2.33	0.3212	243	0.2623	4612	X-RAY DIFFRACTION	94.88
2.33-2.37	0.3436	239	0.2709	4699	X-RAY DIFFRACTION	96.54
2.37-2.42	0.2851	163	0.2675	4823	X-RAY DIFFRACTION	97.25
2.42-2.47	0.2987	255	0.2463	4694	X-RAY DIFFRACTION	97.79
2.47-2.52	0.3353	295	0.2515	4714	X-RAY DIFFRACTION	98.68
2.52-2.58	0.2767	193	0.2466	4832	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.58-2.64	0.2503	257	0.2533	4811	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.64-2.71	0.2755	212	0.2466	4883	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.71-2.79	0.3439	228	0.253	4842	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.79-2.88	0.2885	309	0.2433	4736	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.88-2.99	0.2913	254	0.2317	4805	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.99-3.11	0.2729	277	0.2311	4821	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.11-3.25	0.2542	268	0.2278	4895	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.25-3.42	0.2873	226	0.2003	4794	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.42-3.63	0.2835	211	0.1881	4921	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.63-3.91	0.2344	272	0.1697	4809	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.91-4.3	0.2235	243	0.1692	4867	X-RAY DIFFRACTION	99.84
4.3-4.93	0.1837	296	0.1566	4766	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.93-6.2	0.25	248	0.1803	4834	X-RAY DIFFRACTION	99.96
6.2-33.16	0.1958	255	0.1907	4558	X-RAY DIFFRACTION	94.28

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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