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- PDB-6kpd: The crystal structure of the BALDIBIS/IDD9 bound to the homodimer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kpd
タイトルThe crystal structure of the BALDIBIS/IDD9 bound to the homodimeric SCL3
要素
  • Peptide from Zinc finger protein BALDIBIS
  • Scarecrow-like protein 3
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / asymmetric cell division / GRAS / IDD
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of meristem growth / response to gibberellin / protein localization to nucleus / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / BIRD-IDD transcription factor, fourth C2HC zinc finger / BIRD-IDD transcription factor, third C2HC zinc finger / BIRD-IDD transcription factor, second C2H2 zinc finger / Transcription factor GRAS / GRAS domain family / GRAS family profile. / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. ...: / BIRD-IDD transcription factor, fourth C2HC zinc finger / BIRD-IDD transcription factor, third C2HC zinc finger / BIRD-IDD transcription factor, second C2H2 zinc finger / Transcription factor GRAS / GRAS domain family / GRAS family profile. / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein BALDIBIS / Scarecrow-like protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hirano, Y. / Shimizu, R. / Hakoshima, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJCR14M5 日本
Japan Society for the Promotion of Science17K07448 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the SCL3 homodimer bound to the BIRD/IDD transcription factor
著者: Hirano, Y. / Shimizu, R. / Nishimura, T. / Morita, M.T. / Hakoshima, T.
履歴
登録2019年8月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Scarecrow-like protein 3
B: Peptide from Zinc finger protein BALDIBIS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6772
ポリマ－54,6772
非ポリマー00
水00
1
C: Scarecrow-like protein 3
B: Peptide from Zinc finger protein BALDIBIS

C: Scarecrow-like protein 3
B: Peptide from Zinc finger protein BALDIBIS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,3544
ポリマ－109,3544
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+2/31
Buried area4850 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area33160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.384, 103.384, 68.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Scarecrow-like protein 3 / AtSCL3 / GRAS family protein 5 / AtGRAS-5


分子量: 50824.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sample sequence has the N-terminal additional residues (G-P, tag) and a deletion region corresponding to (270-301). These are genetically modified for the recombinant protein expression.
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SCL3, At1g50420, F11F12.22 / プラスミド: pET49b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LPR8
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Zinc finger protein BALDIBIS / ID1-like zinc finger protein 1 / Protein indeterminate-domain 9


分子量: 3852.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: BIB, IDD9, IDZ1, At3g45260, F18N11.20 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q944L3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3350, sodium sulfate, Bis-Tris propane-NaOH (pH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月7日
放射モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator , Si (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→44.77 Å / Num. obs: 7177 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 3.2→3.42 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1279 / CC1/2: 0.701 / Rpim(I) all: 0.36 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B3G

5b3g


解像度: 3.2→44.77 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2368 394 5.49 %Random selection
Rwork0.2037 ---
obs-7177 99.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→44.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3012 0 0 0 3012
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2005-3.66340.28611640.24722177X-RAY DIFFRACTION99
3.6634-4.61480.21891260.19312242X-RAY DIFFRACTION99
4.6148-44.770.21911040.19472364X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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