PDB-6kp7: Quadruple mutant (N51I+C59R+S108N+I164L) plasmodium falciparum di...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kp7

タイトル

Quadruple mutant (N51I+C59R+S108N+I164L) plasmodium falciparum dihydrofolate reductase-thymidylate synthase (PfDHFR-TS) complexed with B12154

要素

Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / TRANSFERASE / Dihydrofolate reductase / plasmodium falciparum / Antimalarial / Antifolate / ANTIBIOTIC

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Vanichtanankul, J. / Vitsupakorn, D.

資金援助

タイ, 2件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: 6-Hydrophobic aromatic substituent pyrimethamine analogues as potential antimalarials for pyrimethamine-resistant Plasmodium falciparum.
著者: Saepua, S. / Sadorn, K. / Vanichtanankul, J. / Anukunwithaya, T. / Rattanajak, R. / Vitsupakorn, D. / Kamchonwongpaisan, S. / Yuthavong, Y. / Thongpanchang, C.

履歴

登録	2019年8月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kp7.cif.gz	253.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kp7.ent.gz	194.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kp7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kp7_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kp7_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	6kp7_validation.xml.gz	45 KB	表示
CIF形式データ	6kp7_validation.cif.gz	63.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/6kp7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/6kp7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kotC 6kp2C 6kprC 4dp3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lev-d 4dp3-d 6lhi-d 6lh9-d 4dpd-d 3dga-d 6lez-d 4dph-d 6leu-d 1j3j-d 6kpr-d 6a2m-d 6a2n-d 6kot-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (8) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

147 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.885, 156.288, 165.288
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase 分子量: 71908.133 Da / 分子数: 2 / 変異: N51I, C59R, S108N, I164L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: DHFR-TS, V1/S / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9N170

-
非ポリマー , 5種, 429分子

#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#4: 化合物	ChemComp-DQ9 / 2-[3-[3-[2,6-bis(azanyl)-5-(3-chlorophenyl)pyrimidin-4-yl]propoxy]phenoxy]ethanoic acid 分子量: 428.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₁ClN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.68 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: NaOAc, NH2OAc, PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 123 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 105672 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.06 / Χ²: 0.938 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 627739

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.97-2.04	5.3	0.435	9616	0.916	0.201	0.48	0.896	91
2.04-2.12	5.7	0.345	10446	0.953	0.155	0.379	0.924	98.8
2.12-2.22	6	0.243	10566	0.975	0.108	0.266	0.952	99.9
2.22-2.34	6.1	0.172	10574	0.988	0.075	0.188	0.966	99.9
2.34-2.48	6.1	0.129	10580	0.992	0.056	0.141	0.957	99.9
2.48-2.67	6.1	0.093	10640	0.995	0.04	0.101	0.945	99.9
2.67-2.94	6.1	0.065	10666	0.996	0.028	0.071	0.953	99.9
2.94-3.37	6.1	0.048	10733	0.997	0.021	0.052	0.894	99.9
3.37-4.24	5.9	0.044	10772	0.997	0.02	0.049	1.132	99.7
4.24-50	5.7	0.036	11079	0.998	0.016	0.04	0.748	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DP3

4dp3

解像度: 1.97→26.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 3.555 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.147 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2326	5111	5.01 %
R_work	0.1943	-	-
all	0.196	-	-
obs	-	102018	95.445 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.555 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.019 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.065 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.084 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→26.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8767	0	202	422	9391

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	9189
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	8342
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.772	1.669	12431
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.389	1.595	19413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.24	5	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.58	23.534	498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.004	15	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.439	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.948	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	9972
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1962
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	8237
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	4417
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	4190
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	484
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.064	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.245	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.355	3.332	4203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.355	3.331	4202
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.927	4.968	5238
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.926	4.969	5239
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.692	3.766	4986
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.692	3.766	4987
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.69	5.47	7193
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.689	5.47	7194
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.884	38.142	10491
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.886	38.081	10406

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.97-2.077	0.284	577	0.241	11412	X-RAY DIFFRACTION	77.6289
2.077-2.203	0.27	686	0.231	12988	X-RAY DIFFRACTION	93.6062
2.203-2.355	0.241	691	0.211	12822	X-RAY DIFFRACTION	98.5775
2.355-2.543	0.253	641	0.203	12185	X-RAY DIFFRACTION	99.8987
2.543-2.786	0.241	606	0.198	11212	X-RAY DIFFRACTION	99.8648
2.786-3.114	0.254	538	0.199	10188	X-RAY DIFFRACTION	99.786
3.114-3.596	0.229	455	0.196	9045	X-RAY DIFFRACTION	99.6747
3.596-4.403	0.207	416	0.171	7654	X-RAY DIFFRACTION	99.5559
4.403-6.222	0.196	329	0.158	5969	X-RAY DIFFRACTION	98.9629
6.222-26.11	0.218	172	0.195	3432	X-RAY DIFFRACTION	97.6959

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