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万見
- PDB-6kn5: Crystal structure of AFF4 C-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kn5
タイトルCrystal structure of AFF4 C-terminal domain
要素AF4/FMR2 family member 4
キーワードTRANSCRIPTION / AFF4 / histone acetylation
機能・相同性
機能・相同性情報


super elongation complex / spermatid development / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / response to endoplasmic reticulum stress / transcription elongation factor complex / euchromatin / fibrillar center / regulation of gene expression ...super elongation complex / spermatid development / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / response to endoplasmic reticulum stress / transcription elongation factor complex / euchromatin / fibrillar center / regulation of gene expression / nuclear body / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
AF4/FMR2 family / AF4 interaction motif / AF4/FMR2, C-terminal homology domain / AF-4 proto-oncoprotein N-terminal region / AF4 interaction motif / AFF4, C-terminal homology domain
類似検索 - ドメイン・相同性
AF4/FMR2 family member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chen, L.J. / Yang, W.S. / Xu, R.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R61AI133697 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA211861 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R33AI122418 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Acetylation of histone H3K27 signals the transcriptional elongation for estrogen receptor alpha.
著者: Gao, Y. / Chen, L. / Han, Y. / Wu, F. / Yang, W.S. / Zhang, Z. / Huo, T. / Zhu, Y. / Yu, C. / Kim, H. / Lee, M. / Tang, Z. / Phillips, K. / He, B. / Jung, S.Y. / Song, Y. / Zhu, B. / Xu, R.M. / Feng, Q.
履歴
登録2019年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AF4/FMR2 family member 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7691
ポリマ－29,7691
非ポリマー00
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13010 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)41.062, 71.117, 187.417
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z+1/2
#3: -x+1/2,y,-z
#4: -x,-y+1/2,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1
#7: -x+1,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 AF4/FMR2 family member 4 / ALL1-fused gene from chromosome 5q31 protein / Protein AF-5q31 / Major CDK9 elongation factor- ...ALL1-fused gene from chromosome 5q31 protein / Protein AF-5q31 / Major CDK9 elongation factor-associated protein


分子量: 29768.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AFF4, AF5Q31, MCEF, HSPC092 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHB7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.48 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: sodium dihydrogen phosphate, potassium monohydrogen phosphate, 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97845 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97845 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→46.94 Å / Num. obs: 14447 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 47.48 Å2 / CC1/2: 0.999 / R split: 0.028 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.946 / Num. unique obs: 1249

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→46.935 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2923 1445 10 %
Rwork0.2475 12999 -
obs0.2518 14444 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.2 Å2 / Biso mean: 62.0095 Å2 / Biso min: 24.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→46.935 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1829 0 0 33 1862
Biso mean---54.73 -
残基数----225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041873
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7192525
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.312279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004319
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.604707
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.2001-2.27870.3561440.30151299
2.2787-2.36990.3471400.28621256
2.3699-2.47780.33821400.3021266
2.4778-2.60840.31331440.29341286
2.6084-2.77180.28861420.28151279
2.7718-2.98580.29581420.27461286
2.9858-3.28620.32021460.26811304
3.2862-3.76160.28831440.24731307
3.7616-4.73850.26561470.20811313
4.7385-46.9350.2831560.23381403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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