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万見
- PDB-6kmu: P22/P10 complex of caspase-11 mutant C254A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kmu
タイトルP22/P10 complex of caspase-11 mutant C254A
要素(Caspase-4) x 5
キーワードIMMUNE SYSTEM / pyroptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-11 / non-canonical inflammasome complex / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / Pyroptosis / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / NLRP1 inflammasome complex / NOD1/2 Signaling Pathway / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly ...caspase-11 / non-canonical inflammasome complex / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / Pyroptosis / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / NLRP1 inflammasome complex / NOD1/2 Signaling Pathway / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / pyroptotic inflammatory response / protein autoprocessing / protein maturation / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of interleukin-1 beta production / actin filament organization / lipopolysaccharide binding / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of neuron apoptotic process / regulation of inflammatory response / scaffold protein binding / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / inflammatory response / cysteine-type endopeptidase activity / innate immune response / neuronal cell body / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular region / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Caspase recruitment domain / Caspase-like / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. ...Caspase recruitment domain / Caspase-like / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ding, J. / Sun, Q.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Mechanism for GSDMD Targeting by Autoprocessed Caspases in Pyroptosis.
著者: Wang, K. / Sun, Q. / Zhong, X. / Zeng, M. / Zeng, H. / Shi, X. / Li, Z. / Wang, Y. / Zhao, Q. / Shao, F. / Ding, J.
履歴
登録2019年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-4
B: Caspase-4
C: Caspase-4
D: Caspase-4
E: Caspase-4
F: Caspase-4
G: Caspase-4
H: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,4148
ポリマ－120,4148
非ポリマー00
水6,557364
1
A: Caspase-4
B: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8972
ポリマ－30,8972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area12730 Å2
手法PISA
2
C: Caspase-4
D: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0982
ポリマ－31,0982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area12760 Å2
手法PISA
3
E: Caspase-4
F: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8972
ポリマ－30,8972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area12180 Å2
手法PISA
4
G: Caspase-4
H: Caspase-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5222
ポリマ－27,5222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area11660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.971, 102.002, 99.744
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 5種, 8分子 AEBFHCDG

#1: タンパク質 Caspase-4 / CASP-4 / Caspase-11 / CASP-11 / Protease ICH-3


分子量: 20783.809 Da / 分子数: 2 / 変異: C254A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Casp4, Casp11, Caspl, Ich3 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P70343, caspase-11
#2: タンパク質 Caspase-4 / CASP-4 / Caspase-11 / CASP-11 / Protease ICH-3


分子量: 10113.619 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Casp4, Casp11, Caspl, Ich3 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P70343, caspase-11
#3: タンパク質 Caspase-4 / CASP-4 / Caspase-11 / CASP-11 / Protease ICH-3


分子量: 20884.914 Da / 分子数: 1 / 変異: C254A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Casp4, Casp11, Caspl, Ich3 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P70343, caspase-11
#4: タンパク質 Caspase-4 / CASP-4 / Caspase-11 / CASP-11 / Protease ICH-3


分子量: 10212.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Casp4, Casp11, Caspl, Ich3 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P70343, caspase-11
#5: タンパク質 Caspase-4 / CASP-4 / Caspase-11 / CASP-11 / Protease ICH-3


分子量: 17408.006 Da / 分子数: 1 / 変異: C254A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Casp4, Casp11, Caspl, Ich3 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P70343, caspase-11

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非ポリマー , 1種, 364分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES (pH 7.5), 12% (w/v) polyethylene glycol 3350, and 4% formaldehyde

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.78 Å / Num. obs: 71527 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.41 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 11.81
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / Num. unique obs: 5274 / CC1/2: 0.915

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6kmt

6kmt


解像度: 2.1→49.78 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2511 2019 -
Rwork0.2097 --
obs0.2109 71422 98.76 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8041 0 0 364 8405
LS精密化 シェル解像度: 2.0994→2.1519 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3505 --
Rwork0.2878 --
obs-5070 99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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