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- PDB-6kmn: Crystal Structure of Dye Decolorizing peroxidase from Bacillus su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kmn
タイトルCrystal Structure of Dye Decolorizing peroxidase from Bacillus subtilis
要素Deferrochelatase/peroxidase EfeB
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dye-decolorizing peroxidase / ferredoxin like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


protoporphyrin ferrochelatase / ferrochelatase activity / iron import into cell / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / heme binding / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
TAT (twin-arginine translocation) pathway signal sequence / Deferrochelatase / : / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Dimeric alpha-beta barrel ...TAT (twin-arginine translocation) pathway signal sequence / Deferrochelatase / : / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Dimeric alpha-beta barrel / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / : / Deferrochelatase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Dhankhar, P. / Dalal, V. / Mahto, J.K. / Kumar, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT-1088-BIO インド
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2020
タイトル: Characterization of dye-decolorizing peroxidase from Bacillus subtilis.
著者: Dhankhar, P. / Dalal, V. / Mahto, J.K. / Gurjar, B.R. / Tomar, S. / Sharma, A.K. / Kumar, P.
履歴
登録2019年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deferrochelatase/peroxidase EfeB
B: Deferrochelatase/peroxidase EfeB
C: Deferrochelatase/peroxidase EfeB
D: Deferrochelatase/peroxidase EfeB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,90917
ポリマ－160,9414
非ポリマー2,96713
水9,728540
1
A: Deferrochelatase/peroxidase EfeB
C: Deferrochelatase/peroxidase EfeB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8958
ポリマ－80,4712
非ポリマー1,4256
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7790 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area27870 Å2
手法PISA
2
B: Deferrochelatase/peroxidase EfeB
D: Deferrochelatase/peroxidase EfeB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,0139
ポリマ－80,4712
非ポリマー1,5437
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8450 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area28000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.841, 71.176, 101.014
Angle α, β, γ (deg.)69.590, 83.580, 80.560
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Deferrochelatase/peroxidase EfeB


分子量: 40235.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: efeB, FC605_19685 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P9FDJ4, UniProt: P39597*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 553分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE


分子量: 31.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 25% MPD, 0.05 M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月28日
放射モノクロメーター: C(110) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→48.15 Å / Num. obs: 52522 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 55.2 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.44→2.48 Å / 冗長度: 9.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2534 / CC1/2: 0.49 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KMM

6kmm


解像度: 2.44→48.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 23.417 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.176 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2428 2658 5.1 %RANDOM
Rwork0.1746 ---
obs0.178 49842 93.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 187.22 Å2 / Biso mean: 66.575 Å2 / Biso min: 29.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å20.65 Å20.67 Å2
2--0.75 Å2-0.63 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.44→48.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11233 0 202 540 11975
Biso mean--58.67 61.33 -
残基数----1449
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01211700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6361.66815829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.71751447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.94923.846572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.288152008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4561548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.21475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028984
LS精密化 シェル解像度: 2.44→2.503 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 175 -
Rwork0.357 3638 -
all-3813 -
obs--92.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.62290.4571-0.00232.4670.14521.87550.05510.1118-0.23960.4510.03460.19560.0098-0.1745-0.08980.1010.02890.01580.0541-0.04050.11030.9306-0.0463-0.0751
21.5927-0.8484-0.01031.873-0.01512.37670.0321-0.11320.2417-0.3252-0.02430.090.0315-0.2769-0.00780.0729-0.0033-0.02630.0967-0.08110.1219-28.6631-16.253727.7882
31.910.3039-0.54152.0192-0.12512.4157-0.01450.33170.03670.031-0.0599-0.4188-0.28140.42550.07440.0421-0.0487-0.03380.2602-0.01420.144824.808114.304-16.1921
41.23-0.51850.74821.93960.1452.4598-0.0961-0.28060.21570.02840.0113-0.36220.37150.32050.08480.12640.10370.02370.2895-0.08890.135-4.7841-29.91444.1485
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 363
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 363
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 363
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 363

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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