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- PDB-6kmd: Crystal structure of SeMet-phytochromobilin synthase from tomato ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kmd
タイトルCrystal structure of SeMet-phytochromobilin synthase from tomato in complex with biliverdin
要素Phytochromobilin synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Substrate complex
機能・相同性phytochromobilin:ferredoxin oxidoreductase / phytochromobilin:ferredoxin oxidoreductase activity / Ferredoxin-dependent bilin reductase / Ferredoxin-dependent bilin reductase / phytochromobilin biosynthetic process / cobalt ion binding / BILIVERDINE IX ALPHA / Phytochromobilin synthase
機能・相同性情報
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sugishima, M. / Wada, K. / Fukuyama, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science19K06515 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of phytochromobilin synthase in complex with biliverdin IX alpha , a key enzyme in the biosynthesis of phytochrome.
著者: Sugishima, M. / Wada, K. / Fukuyama, K. / Yamamoto, K.
履歴
登録2019年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phytochromobilin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6725
ポリマ－37,0061
非ポリマー6674
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.925, 63.925, 158.426
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Phytochromobilin synthase


分子量: 37005.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: AUREA / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: Q588D6, phytochromobilin:ferredoxin oxidoreductase
#2: 化合物 ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 8000, magnesium chloride, Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.77 Å / Num. obs: 31770 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.97 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.21
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.88 / Num. unique obs: 5053 / CC1/2: 0.864 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14-3260精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→43.4756 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
詳細: For the model refinement, Bijvoet pairs were merged.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2115 1111 5 %RANDOM
Rwork0.1775 ---
obs-17288 99.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.4756 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2251 0 46 176 2473
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 --
Rwork0.209 1914 -
obs--97.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.40531.26210.97152.17782.17313.60560.3252-0.1172-0.37770.366-0.0994-0.13850.5580.0068-0.22960.3571-0.0469-0.10610.23730.06740.319864.865418.784677.8494
26.29710.92071.40683.9862-2.34792.00750.2760.035-0.05490.0118-0.189-0.47080.50640.2398-0.05510.2713-0.0393-0.08620.2175-0.01720.234763.999322.58272.0002
32.10120.64440.32451.26010.16553.25720.1793-0.12590.12120.1374-0.11630.0844-0.28790.1467-0.07940.2309-0.0450.00640.1423-0.02930.222562.768836.939672.3283
49.128-0.3113-2.29995.7013.41828.16160.00390.3505-0.2834-0.1669-0.13420.36470.2405-0.45450.10780.1659-0.0085-0.06850.14730.02520.22454.715618.037463.913
53.53190.67830.54512.1938-0.45622.72860.14780.03380.1537-0.0444-0.07040.2844-0.0887-0.115-0.03460.22990.0130.0230.1028-0.05590.245851.069435.855563.3286
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 56 through 104 )A56 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 105 through 128 )A105 - 128
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 129 through 262 )A129 - 262
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 263 through 284 )A263 - 284
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 285 through 336 )A285 - 336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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