PDB-6km6: Human Carbonic Anhydrase II native 15 atm CO2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6km6

タイトル

Human Carbonic Anhydrase II native 15 atm CO2

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase II / intermediate states / water network / point mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Kim, C.U. / Kim, J.K.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the effect of active-site mutation on the catalytic mechanism of carbonic anhydrase.
著者: Kim, J.K. / Lee, C. / Lim, S.W. / Andring, J.T. / Adhikari, A. / McKenna, R. / Kim, C.U.

履歴

登録	2019年7月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6km6.cif.gz	223.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6km6.ent.gz	174.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6km6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6km6_validation.pdf.gz	986.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6km6_full_validation.pdf.gz	991.5 KB	表示
XML形式データ	6km6_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	6km6_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/6km6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/6km6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6klzC 6km0C 6km1C 6km2C 6km3C 6km4C 6km5C 5yukS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jeh-d 6oe0-d 3u47-d 6ecz-d 1ugb-d 5ny3-d 3f68-d 3mnj-d 6bc9-d 5jep-d 1yo2-d 5amg-d 4n0x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.153, 41.308, 71.964
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.088, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素分子量: 44.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, 100 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月9日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→30 Å / Num. obs: 82467 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 31.62
反射シェル	解像度: 1.15→1.17 Å / R_merge(I) obs: 0.769 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / Num. unique obs: 3951

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124 2015/06/02	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YUK

5yuk

解像度: 1.15→29.059 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.988 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.983 / SU B: 0.99 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.029 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1336	3972	-
R_work	0.1052	-	-
all	0.107	-	-
obs	-	81959	95.882 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.558 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.005 Å²	-0 Å²	-0.012 Å²
2-	-	0.022 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.009 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→29.059 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	13	363	2425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.019	2305
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.367	1.954	3152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.284	3	5037
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.69	5	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.806	24.86	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.871	15	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.146	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.166	0.2	326
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	2684
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	532
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.3	0.2	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	4148
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	2138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.065	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.331	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.28	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.092	1.334	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.986	1.33	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.722	2.015	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.744	2.017	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.591	1.679	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.591	1.679	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.104	2.366	1721
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.103	2.366	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.244	13.348	2925
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.537	12.198	2739
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	45.122	5	82
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	12.821	5	4666
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.28	3	4465

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.15-1.18	0.237	295	0.228	5596	6334	93.006	0.199
1.18-1.212	0.2	246	0.19	5433	6059	93.7283	0.159
1.212-1.247	0.198	279	0.159	5339	5977	93.9936	0.129
1.247-1.285	0.175	258	0.137	5206	5782	94.5002	0.11
1.285-1.328	0.157	243	0.119	5052	5585	94.8075	0.094
1.328-1.374	0.159	242	0.114	4929	5450	94.8807	0.089
1.374-1.426	0.147	209	0.104	4731	5222	94.5998	0.084
1.426-1.484	0.145	202	0.091	4619	5050	95.4653	0.074
1.484-1.55	0.124	219	0.079	4402	4825	95.772	0.067
1.55-1.625	0.125	206	0.077	4270	4650	96.2581	0.068
1.625-1.713	0.119	218	0.072	4063	4388	97.5615	0.065
1.713-1.816	0.113	234	0.076	3843	4165	97.8872	0.071
1.816-1.941	0.122	211	0.078	3650	3941	97.9701	0.078
1.941-2.096	0.105	183	0.079	3438	3677	98.477	0.082
2.096-2.295	0.108	173	0.084	3164	3380	98.7278	0.091
2.295-2.563	0.122	143	0.091	2883	3071	98.5347	0.102
2.563-2.956	0.132	156	0.106	2537	2730	98.6447	0.123
2.956-3.611	0.115	118	0.109	2148	2282	99.2989	0.134
3.611-5.068	0.137	80	0.113	1721	1811	99.4478	0.143
5.068-29.059	0.194	56	0.188	937	1065	93.2394	0.233

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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