PDB-6km3: Human Carbonic Anhydrase II native 00 atm CO2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6km3

タイトル

Human Carbonic Anhydrase II native 00 atm CO2

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase II / intermediate states / water network / point mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Kim, C.U. / Kim, J.K.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the effect of active-site mutation on the catalytic mechanism of carbonic anhydrase.
著者: Kim, J.K. / Lee, C. / Lim, S.W. / Andring, J.T. / Adhikari, A. / McKenna, R. / Kim, C.U.

履歴

登録	2019年7月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6km3.cif.gz	217.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6km3.ent.gz	168.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6km3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/6km3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/6km3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6klzC 6km0C 6km1C 6km2C 6km4C 6km5C 6km6C 5yukS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3dd0-d 1cvc-d 5sz6-d 1if5-d 5ny3-d 1bv3-d 1cal-d 1bnw-d 1kwr-d 6sds-d 6ecz-d 1f2w-d 3mwo-2 5u0d-d 1can-d 5e2n-1 1cnc-d 2ca2-d 4zwy-d 1dcb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.143, 41.198, 72.112
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.172, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, 100 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月9日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→30 Å / Num. obs: 80785 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 24.67
反射シェル	解像度: 1.15→1.17 Å / R_merge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 11.87 / Num. unique obs: 3925

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124 2015/06/02	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YUK

5yuk

解像度: 1.15→29.011 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / SU B: 0.609 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.027 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1278	3917	-
R_work	0.1036	-	-
all	0.105	-	-
obs	-	80768	94.6 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.117 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.001 Å²	0 Å²	0.001 Å²
2-	-	0.002 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→29.011 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	7	264	2320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.031	0.019	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2168
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.456	1.953	3173
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.878	3	5057
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.899	5	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.693	25	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.972	15	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.308	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.172	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	534
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.278	0.2	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.215	0.2	4018
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	2124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	2230
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.071	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.345	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.417	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.041	0.991	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.896	0.986	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.608	1.498	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.715	1.502	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.337	1.303	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.337	1.303	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.949	1.824	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.948	1.824	1735
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.337	9.398	2807
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.209	8.939	2700
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	38.664	5	60
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	10.536	5	4606
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.91	3	4484

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.15-1.18	0.12	262	0.091	5547	6324	91.8564	0.081
1.18-1.212	0.112	259	0.081	5362	6065	92.6793	0.072
1.212-1.247	0.111	251	0.077	5306	5964	93.1757	0.07
1.247-1.285	0.112	260	0.074	5164	5796	93.5818	0.067
1.285-1.328	0.103	227	0.072	4996	5565	93.8544	0.068
1.328-1.374	0.116	243	0.075	4833	5434	93.4118	0.072
1.374-1.426	0.112	245	0.075	4686	5214	94.5723	0.073
1.426-1.484	0.108	252	0.073	4539	5045	94.9653	0.072
1.484-1.55	0.107	237	0.073	4362	4824	95.3358	0.075
1.55-1.625	0.106	259	0.075	4171	4640	95.4741	0.08
1.625-1.713	0.105	194	0.078	4028	4390	96.1731	0.086
1.713-1.816	0.13	192	0.089	3806	4162	96.0596	0.101
1.816-1.941	0.119	193	0.092	3586	3925	96.2803	0.11
1.941-2.096	0.128	190	0.104	3345	3682	96.0076	0.126
2.096-2.295	0.126	161	0.108	3098	3369	96.7349	0.135
2.295-2.563	0.124	158	0.12	2811	3076	96.5215	0.154
2.563-2.956	0.142	131	0.133	2515	2710	97.6384	0.177
2.956-3.611	0.14	81	0.137	2175	2289	98.5583	0.182
3.611-5.068	0.157	82	0.129	1675	1813	96.9112	0.18
5.068-29.011	0.24	40	0.2	841	1067	82.5679	0.285

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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