PDB-6km5: Human Carbonic Anhydrase II native 13 atm CO2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6km5

タイトル

Human Carbonic Anhydrase II native 13 atm CO2

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase II / intermediate states / water network / point mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.151 Å

データ登録者

Kim, C.U. / Kim, J.K.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the effect of active-site mutation on the catalytic mechanism of carbonic anhydrase.
著者: Kim, J.K. / Lee, C. / Lim, S.W. / Andring, J.T. / Adhikari, A. / McKenna, R. / Kim, C.U.

履歴

登録	2019年7月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6km5.cif.gz	222.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6km5.ent.gz	173.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6km5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6km5_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6km5_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6km5_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	6km5_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/6km5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/6km5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6klzC 6km0C 6km1C 6km2C 6km3C 6km4C 6km6C 5yukS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3d9z-d 6b5a-d 6g6t-d 3ryj-d 1zsc-d 1hca-d 5lle-d 1cnj-d 6ypw-d 6yzm-d 2x7t-d 3m5s-d 1ydd-d 6yzp-d 3hlj-d 6km0-d 7jnr-d 1bnt-d 3m1q-d 3dd0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.172, 41.320, 71.993
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.073, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素分子量: 44.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, 100 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月9日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→30 Å / Num. obs: 84743 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 33.05
反射シェル	解像度: 1.15→1.17 Å / R_merge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 4.78 / Num. unique obs: 4182

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124 2015/06/02	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YUK

5yuk

解像度: 1.151→29.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.986 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.981 / SU B: 0.747 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.027 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1288	4109	-
R_work	0.1028	-	-
all	0.104	-	-
obs	-	84726	99.298 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.179 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.002 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.009 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.007 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.151→29.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	13	364	2426

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.03	0.019	2305
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.455	1.954	3152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.729	3	5037
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.716	5	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.823	24.86	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.615	15	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.853	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.165	0.2	326
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	2684
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.013	0.02	532
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.298	0.2	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	4144
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	2150
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	2262
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	126
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.009	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.066	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.31	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.341	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.035	1.202	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.84	1.199	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.639	1.82	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.666	1.822	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.434	1.538	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.434	1.539	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.922	2.159	1721
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.921	2.159	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.46	12.245	2938
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.808	11.126	2749
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	37.661	5	75
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	12.302	5	4674
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.957	3	4465

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.151-1.181	0.172	274	0.155	5865	6302	97.4135	0.127
1.181-1.213	0.141	272	0.129	5703	6057	98.6462	0.103
1.213-1.248	0.132	266	0.112	5654	5981	98.9801	0.09
1.248-1.287	0.13	276	0.098	5450	5773	99.1859	0.079
1.287-1.329	0.122	243	0.092	5295	5578	99.2829	0.074
1.329-1.375	0.133	264	0.085	5140	5435	99.4296	0.07
1.375-1.427	0.115	261	0.079	4916	5196	99.6343	0.066
1.427-1.485	0.109	259	0.076	4772	5047	99.683	0.067
1.485-1.551	0.111	250	0.073	4556	4814	99.8338	0.067
1.551-1.627	0.104	267	0.072	4375	4645	99.9354	0.068
1.627-1.714	0.111	210	0.074	4185	4395	100	0.072
1.714-1.818	0.122	189	0.082	3968	4160	99.9279	0.083
1.818-1.943	0.122	197	0.085	3732	3931	99.9491	0.091
1.943-2.098	0.111	201	0.087	3463	3671	99.8093	0.096
2.098-2.297	0.122	168	0.093	3190	3372	99.5848	0.108
2.297-2.566	0.126	163	0.108	2887	3065	99.5106	0.13
2.566-2.959	0.14	135	0.116	2578	2718	99.816	0.144
2.959-3.615	0.119	82	0.118	2196	2283	99.781	0.153
3.615-5.073	0.145	85	0.118	1711	1809	99.2814	0.156
5.073-29.07	0.219	47	0.192	982	1065	96.6197	0.253

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関連情報:EMDBヘッダ

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