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- PDB-6kla: Crystal structure of human c-KIT kinase domain in complex with co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kla
タイトルCrystal structure of human c-KIT kinase domain in complex with compound 15a
要素Mast/stem cell growth factor receptor Kit
キーワードTRANSFERASE / tyrosine kinase inhibitor / kinase phosphorylation / ATP competitor / transmembrane receptor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants ...Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by extracellular domain mutants of KIT / stem cell factor receptor activity / hematopoietic stem cell migration / melanocyte adhesion / positive regulation of pyloric antrum smooth muscle contraction / positive regulation of colon smooth muscle contraction / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / melanocyte migration / Kit signaling pathway / positive regulation of dendritic cell cytokine production / regulation of bile acid metabolic process / positive regulation of small intestine smooth muscle contraction / immature B cell differentiation / mast cell differentiation / positive regulation of mast cell proliferation / mast cell chemotaxis / Fc receptor signaling pathway / glycosphingolipid metabolic process / mast cell proliferation / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / positive regulation of pseudopodium assembly / positive regulation of mast cell cytokine production / lymphoid progenitor cell differentiation / melanocyte differentiation / germ cell migration / myeloid progenitor cell differentiation / digestive tract development / erythropoietin-mediated signaling pathway / negative regulation of programmed cell death / embryonic hemopoiesis / lamellipodium assembly / tongue development / pigmentation / megakaryocyte development / Regulation of KIT signaling / stem cell population maintenance / mast cell degranulation / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / cytokine binding / growth factor binding / somatic stem cell population maintenance / hemopoiesis / ectopic germ cell programmed cell death / spermatid development / T cell differentiation / hematopoietic progenitor cell differentiation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / response to cadmium ion / ovarian follicle development / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / SH2 domain binding / B cell differentiation / acrosomal vesicle / cell chemotaxis / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / erythrocyte differentiation / epithelial cell proliferation / stem cell differentiation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / visual learning / Signaling by SCF-KIT / receptor protein-tyrosine kinase / cytokine-mediated signaling pathway / fibrillar center / cytoplasmic side of plasma membrane / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / male gonad development / cell-cell junction / PIP3 activates AKT signaling / regulation of cell shape / regulation of cell population proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / actin cytoskeleton organization / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / spermatogenesis / protease binding / protein autophosphorylation / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / inflammatory response
類似検索 - 分子機能
Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain ...Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DJX / Mast/stem cell growth factor receptor Kit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.109 Å
データ登録者Wu, T.S. / Peng, Y.H. / Hsueh, C.C. / Wu, S.Y.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Identification of a Multitargeted Tyrosine Kinase Inhibitor for the Treatment of Gastrointestinal Stromal Tumors and Acute Myeloid Leukemia.
著者: Lin, W.H. / Wu, S.Y. / Yeh, T.K. / Chen, C.T. / Song, J.S. / Shiao, H.Y. / Kuo, C.C. / Hsu, T. / Lu, C.T. / Wang, P.C. / Wu, T.S. / Peng, Y.H. / Lin, H.Y. / Chen, C.P. / Weng, Y.L. / Kung, F. ...著者: Lin, W.H. / Wu, S.Y. / Yeh, T.K. / Chen, C.T. / Song, J.S. / Shiao, H.Y. / Kuo, C.C. / Hsu, T. / Lu, C.T. / Wang, P.C. / Wu, T.S. / Peng, Y.H. / Lin, H.Y. / Chen, C.P. / Weng, Y.L. / Kung, F.C. / Wu, M.H. / Su, Y.C. / Huang, K.W. / Chou, L.H. / Hsueh, C.C. / Yen, K.J. / Kuo, P.C. / Huang, C.L. / Chen, L.T. / Shih, C. / Tsai, H.J. / Jiaang, W.T.
履歴
登録2019年7月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0512
ポリマ－37,6701
非ポリマー3811
水84747
1
A: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
ヘテロ分子

A: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,1024
ポリマ－75,3392
非ポリマー7632
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area28200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.205, 63.205, 196.142
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Mast/stem cell growth factor receptor Kit / SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c- ...SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c-kit / v-kit Hardy-Zuckerman 4 feline sarcoma viral oncogene homolog


分子量: 37669.559 Da / 分子数: 1
断片: kinase domain, residue 547-693 and 754-935 from UNP P10721, linked with TS
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIT, SCFR / プラスミド: pBacPAK8 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P10721, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-DJX / N-[6-(4-ethylpiperazin-1-yl)-2-methyl-pyrimidin-4-yl]-5-pyridin-4-yl-1,3-thiazol-2-amine / 6-(4-ethylpiperazin-1-yl)-2-methyl-N-(5-(pyridin-4-yl)thiazol-2-yl)pyrimidin-4-amine


分子量: 381.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.69 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 4000, sodium citrate tribasic dihydrate, pH5.6, glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月4日 / 詳細: LN2-Cooled Fixed-Exit Double
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.109→30 Å / Num. obs: 23502 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 45.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 1.051 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.11-2.194.90.62121230.8990.2780.6841.05992
2.19-2.276.10.50922850.9590.2140.5541.02798.1
2.27-2.387.20.40922940.9830.1610.441.07399
2.38-2.57.80.3423470.9860.1290.3641.03199.3
2.5-2.6680.2323430.9930.0860.2461.08999.3
2.66-2.8680.14823510.9960.0550.1581.04699.4
2.86-3.157.90.09423630.9960.0350.11.05899.5
3.15-3.617.60.06223830.9980.0240.0661.05899.5
3.61-4.547.30.04724440.9980.0180.051.02599.1
4.54-306.80.04325690.9980.0170.0471.03897.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_2621精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T46

1t46


解像度: 2.109→29.482 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2239 1996 8.52 %
Rwork0.183 --
obs0.1866 23419 98.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 148.74 Å2 / Biso mean: 64.5664 Å2 / Biso min: 29.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.109→29.482 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2423 0 27 47 2497
Biso mean--49.86 56.03 -
残基数----309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072560
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.833465
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005438
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.222119
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1094-2.16220.36881251133990
2.1622-2.22060.2657138147497
2.2206-2.28590.2927140149398
2.2859-2.35970.2977139150298
2.3597-2.4440.2697140150899
2.444-2.54180.2642143153399
2.5418-2.65740.28142152199
2.6574-2.79740.2856142152499
2.7974-2.97250.2717142153499
2.9725-3.20180.26231461566100
3.2018-3.52350.2131451564100
3.5235-4.03230.21761470.17241571100
4.0323-5.0760.18961480.1394159599
5.076-29.4820.18291590.1639169998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7458-2.1375-1.41173.0633.99115.85140.36451.0469-0.4644-0.01150.2297-0.52570.95170.3462-0.70870.73570.07-0.10720.8679-0.11440.67537.10660.843122.2893
27.73251.52360.43768.87770.54266.185-0.086-0.70240.06250.1594-0.07340.27110.0188-0.33970.17410.29090.00930.02620.39870.01310.192315.908211.821529.4448
39.0952-4.41183.41887.8753-3.04253.7584-0.0282-0.38570.07450.71120.42030.7173-0.2433-0.3534-0.4110.3419-0.06080.05550.3969-0.04480.279713.893611.657627.1093
44.14574.1674-5.56819.5754-6.20127.641-0.2498-0.2037-0.14630.31980.2388-0.64240.66120.3679-0.15160.42970.0181-0.10060.4601-0.08920.593227.90574.448528.5177
52.06860.3080.3962.81472.15276.57120.02330.1131-0.0521-0.06950.07560.2140.4559-0.5966-0.09430.3754-0.0856-0.01950.38710.03010.379614.84645.647415.7819
63.12071.22833.92565.78051.31965.975-0.32270.37320.1004-0.54520.27350.08380.09130.049-0.05620.3814-0.07180.06710.4137-0.01590.256718.76333.5240.9536
72.4162-1.20180.52823.16390.59533.6242-0.0138-0.2656-0.52350.40860.2464-0.00241.1050.1444-0.21220.7074-0.0008-0.0040.42850.02260.449822.2022-10.287511.1728
86.7392-1.29891.75795.45160.0835.53070.11050.45130.1896-0.51710.1146-0.55260.23850.4289-0.160.4815-0.0070.15130.5205-0.10970.408828.9063-3.7273-2.6573
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 554 through 579 )A554 - 579
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 580 through 600 )A580 - 600
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 601 through 630 )A601 - 630
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 631 through 647 )A631 - 647
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 648 through 758 )A648 - 758
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 759 through 786 )A759 - 786
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 787 through 896 )A787 - 896
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 897 through 931 )A897 - 931

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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