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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kkp | ||||||
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タイトル | The crystal structure of apo-SiaC from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
要素 | DUF1987 domain-containing protein | ||||||
キーワード | GENE REGULATION / Pseudomonas aeruginosa / apo-SiaC / regulation | ||||||
機能・相同性 | SiaC family regulatory phosphoprotein / SiaC family regulatory phosphoprotein / Biofilm formation regulator SiaD modulator protein SiaC / SiaC family regulatory phosphoprotein domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Gan, J.H. / Yang, C. / Chen, G.K. / Liang, H.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2020 タイトル: The SiaA/B/C/D signaling network regulates biofilm formation in Pseudomonas aeruginosa. 著者: Chen, G.K. / Gan, J.H. / Yang, C. / Zuo, Y.L. / Peng, J. / Li, M. / Huo, W.P. / Xie, Y.P. / Zhang, Y.N. / Wang, T.T. / Deng, X. / Liang, H.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kkp.cif.gz | 37.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kkp.ent.gz | 24.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kkp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6kkp_validation.pdf.gz | 414.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6kkp_full_validation.pdf.gz | 414.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6kkp_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6kkp_validation.cif.gz | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/6kkp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/6kkp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14655.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A072ZHB4, UniProt: Q9I6W2*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.4M NaH2PO4/1.6M K2HPO4, 0.1M imidazole PH 8.0, 0.2M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 4479 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.971 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 415 / CC1/2: 0.939 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6KKO 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 10.034 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.967 / ESU R Free: 0.311 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 64.91 Å2 / Biso mean: 31.902 Å2 / Biso min: 14.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.564 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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