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- PDB-6kkg: Crystal structure of MAGI2-Dendrin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kkg
タイトルCrystal structure of MAGI2-Dendrin complex
要素
  • Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 2
  • Peptide from Dendrin
キーワードCELL ADHESION / MAGI2 / Dendrin / Complex structure / Slit diaphragm
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of postsynaptic specialization / type II activin receptor binding / neuroligin clustering involved in postsynaptic membrane assembly / podocyte development / extrinsic component of postsynaptic membrane / slit diaphragm / beta-1 adrenergic receptor binding / positive regulation of synaptic vesicle clustering / structural constituent of postsynaptic density / nerve growth factor signaling pathway ...structural constituent of postsynaptic specialization / type II activin receptor binding / neuroligin clustering involved in postsynaptic membrane assembly / podocyte development / extrinsic component of postsynaptic membrane / slit diaphragm / beta-1 adrenergic receptor binding / positive regulation of synaptic vesicle clustering / structural constituent of postsynaptic density / nerve growth factor signaling pathway / activin receptor binding / SMAD protein signal transduction / negative regulation of activin receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis / regulation of synaptic membrane adhesion / dendritic spine membrane / ciliary base / SMAD binding / receptor clustering / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of receptor internalization / bicellular tight junction / photoreceptor outer segment / kinesin binding / phosphatase binding / cell projection / photoreceptor inner segment / centriole / negative regulation of cell migration / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of neuron projection development / cellular response to nerve growth factor stimulus / GABA-ergic synapse / cell-cell junction / late endosome / presynapse / signaling receptor complex adaptor activity / perikaryon / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / postsynapse / postsynaptic density / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / centrosome / synapse / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dendrin / Nephrin and CD2AP-binding protein, Dendrin / Unstructured region on MAGI / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. ...Dendrin / Nephrin and CD2AP-binding protein, Dendrin / Unstructured region on MAGI / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Dendrin / Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Zhu, J.W. / Zhang, H.J. / Lin, L. / Zhang, R.G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Phase separation of MAGI2-mediated complex underlies formation of slit diaphragm complex in glomerular filtration barrier
著者: Zhang, H.J. / Lin, L. / Lin, Z.J. / Liu, J.P. / Pan, L.F. / Zhang, M.J. / Zhu, J.W. / Zhang, R.G.
履歴
登録2019年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 2
B: Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 2
C: Peptide from Dendrin
D: Peptide from Dendrin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6414
ポリマ－28,6414
非ポリマー00
水3,369187
1
A: Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 2
C: Peptide from Dendrin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3212
ポリマ－14,3212
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area7410 Å2
手法PISA
2
B: Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 2
D: Peptide from Dendrin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3212
ポリマ－14,3212
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area7480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.715, 55.715, 74.696
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質 Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 2 / Activin receptor-interacting protein 1 / Acvrip1 / Atrophin-1-interacting protein 1 / AIP-1 / ...Activin receptor-interacting protein 1 / Acvrip1 / Atrophin-1-interacting protein 1 / AIP-1 / Membrane-associated guanylate kinase inverted 2 / MAGI-2


分子量: 11812.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Magi2, Acvrinp1, Aip1, Arip1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WVQ1
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Dendrin


分子量: 2507.735 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ddn, Gm748, Kiaa0749 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q80TS7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.2M Ammonium Sulfate, 150mM Malate at pH 5.1, 4.0% v/v 1,2-Propanedio

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.91877 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91877 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 13900 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.15-2.1940.4556840.8560.2650.5280.887100
2.19-2.234.40.4297200.880.2320.4880.859100
2.23-2.274.40.347130.930.1840.3880.897100
2.27-2.324.40.327010.9490.1740.3650.847100
2.32-2.374.40.2986820.9260.1620.340.935100
2.37-2.424.30.2687310.9370.1470.3070.88799.9
2.42-2.484.20.2247050.9660.1240.2570.951100
2.48-2.554.20.2067060.9620.1150.2370.944100
2.55-2.623.90.1816810.9690.1050.2091.046100
2.62-2.714.10.1517100.9780.0850.1730.939100
2.71-2.814.50.1467160.980.0780.1660.993100
2.81-2.924.40.1147080.9820.0620.130.928100
2.92-3.054.40.1017070.9850.0540.1150.96299.6
3.05-3.214.20.0836890.9880.0460.0950.92399.6
3.21-3.413.90.076760.9870.0420.0820.9297.8
3.41-3.6840.077040.9870.0410.0810.91396.8
3.68-4.0540.0636670.9880.0370.0740.8493.8
4.05-4.633.90.0626390.9880.0370.0720.78190.9
4.63-5.833.80.0656560.9890.0390.0770.82494
5.83-504.20.0717050.9880.0390.0820.88599.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YSD, 2YSE

2ysd

2yse


解像度: 2.15→24.125 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2635 668 5.05 %
Rwork0.2017 --
obs0.2049 13218 93.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.73 Å2 / Biso mean: 31.5 Å2 / Biso min: 12.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→24.125 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1730 0 0 190 1920
Biso mean---34.15 -
残基数----214
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.182457
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041246
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.362667
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.15-2.31410.27681230.2218211179
2.3141-2.54670.29291300.2234258997
2.5467-2.91470.3181460.22982697100
2.9147-3.67010.27261300.193262598
3.6701-24.1250.21971390.1824252894
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.98240.73090.63611.7733-0.32244.4925-0.2626-0.28980.7513-0.19460.26351.6323-0.7159-0.0945-0.17760.42810.0122-0.12650.5683-0.22681.1755-26.189533.84436.8271
21.3543-0.99411.58020.8698-1.53372.8613-0.2202-0.25230.56890.7456-0.34510.3449-0.1455-0.4484-0.16050.3377-0.07130.1190.1616-0.390.6317-19.742330.05212.1879
36.95893.08941.14593.15580.49752.6069-0.1839-0.11040.02140.4816-0.35460.1760.456-0.51780.24640.3489-0.0920.22020.2522-0.13360.3176-17.125525.806911.2158
40.2723-0.65620.98542.0363-2.75973.9176-0.33350.0143-0.15380.4575-0.20390.1002-0.1844-0.1990.04460.1455-0.05630.06540.2539-0.06710.2897-15.672425.90935.5209
52.25330.0113-4.0909-0.0113-0.02037.33290.10790.80310.5505-0.1172-0.13440.1535-0.8026-0.4022-0.01620.18530.02350.01230.39430.03970.4254-16.255732.7666-5.0601
64.05990.80182.41025.54040.08676.1245-0.1117-0.46680.8716-0.23370.0217-0.1564-1.2287-0.07840.24320.2742-0.051-0.01730.2951-0.00960.3275-6.514731.3099-11.5377
74.9224-0.90732.31293.6749-0.59025.2647-0.4074-0.58670.69220.68290.0695-0.7618-0.51880.5370.11450.3406-0.1005-0.06650.311-0.01440.3651-0.491527.1985-0.2611
85.53633.00212.47733.59473.00395.80540.0384-0.7961-1.14440.5115-0.2478-1.01190.77020.3531-0.42040.2728-0.0831-0.15890.34950.06850.35182.227623.29740.5958
94.504-0.9527-3.47461.17890.35813.1948-0.55030.5893-0.84390.0488-0.38780.18330.3882-0.49250.37990.2016-0.07470.05780.2807-0.0690.1575-5.188720.6679-3.917
109.7359-1.5713-1.3698.4004-0.78558.48990.06561.35470.1407-0.3877-0.2589-0.17220.5466-0.04310.27940.1503-0.0159-0.04890.3168-0.02290.2829-1.063423.3917-16.7794
117.83410.5858-2.4854.36270.55813.47090.27550.15671.44041.0988-0.2157-0.0963-0.8201-0.31030.00250.60290.0903-0.16360.27380.03760.7517-16.311239.6975-24.2699
124.89991.6190.42073.0310.36154.5498-0.23470.83030.0552-0.3942-0.4695-0.6847-0.11710.2859-1.28390.18160.0292-0.150.44440.20770.3726-17.656727.2041-31.6137
133.62122.66211.82323.26211.75724.9334-0.24070.11740.6774-0.0743-0.7049-0.09-0.76360.3133-0.79740.1521-0.08990.00440.2880.34520.248-12.318129.2702-24.9395
144.22572.6199-5.97075.1345-3.5138.40490.48640.50530.12860.84030.25190.9259-1.2156-1.4859-0.60770.3295-0.03010.10350.2868-0.02950.5012-20.256930.5926-12.4682
154.4434-1.58340.0074.08343.62916.9436-0.1525-0.00840.1077-0.4692-0.22110.8313-0.2019-0.33620.43170.2526-0.0256-0.0520.2364-0.01260.2761-23.631218.5808-10.2142
164.0505-0.8731-1.84274.1554-2.89883.4993-00.3415-0.1413-0.2767-0.26560.22010.32720.49840.23020.1826-0.0715-0.03340.3051-0.01550.1538-17.961112.6175-15.648
172.41030.8984-1.30853.28932.70169.29830.0503-0.42430.10571.0939-0.69090.00320.66110.5053-0.43850.3661-0.1521-0.04390.2077-0.13470.2238-19.737812.5695-0.2056
188.3286-1.9922-5.03817.43711.45693.0617-0.01980.2143-0.2416-0.5519-0.1416-1.38861.02270.67030.18550.32840.01330.10010.36330.02590.42642.326615.60580.9143
196.6235-3.0896-3.50228.6722.15126.8601-0.40230.4092-0.23020.5680.149-0.03570.1154-0.2720.25280.1713-0.03630.04620.136-0.01350.2026-9.820820.43337.6187
204.08731.65862.94594.36120.99732.13070.1574-1.0901-0.44791.7821-0.71730.65440.561-0.6019-0.05120.5794-0.14920.26450.3289-0.03830.5943-20.106817.967914.5294
215.43093.6232.07852.58722.10763.89030.1825-0.54410.54710.0285-0.73910.6537-0.2382-1.1418-0.06490.5038-0.14320.32250.4148-0.4020.4136-18.199928.807918.67
222.2711-0.96760.344.1575-3.98014.073-0.1431-0.1069-0.75450.52040.32270.80910.8093-0.4497-0.12240.39020.03290.10770.35320.10430.3711-14.63445.8028-18.3126
231.7865-1.09382.17263.7655-1.792.70810.05720.1152-0.01760.1127-0.2709-0.28410.15420.12020.05010.13280.0530.01680.26430.05540.1737-12.789418.7612-25.118
247.38474.0996-1.82835.9447-4.29923.3958-0.20691.65250.2016-1.1111-0.2845-0.320.18630.5985-0.37770.28640.0329-0.01580.73760.28980.4401-5.528226.3654-32.1004
255.34513.57125.9162.43.976.5684-0.47750.03930.69980.1725-0.55310.1353-0.58980.41430.54860.3701-0.0203-0.00350.44440.17010.4267-15.808630.1813-36.195
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 301 through 306 )A301 - 306
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 307 through 311 )A307 - 311
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 312 through 325 )A312 - 325
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 326 through 331 )A326 - 331
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 332 through 340 )A332 - 340
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 341 through 352 )A341 - 352
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 353 through 358 )A353 - 358
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 359 through 367 )A359 - 367
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 368 through 377 )A368 - 377
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 378 through 387 )A378 - 387
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 301 through 306 )B301 - 306
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 307 through 316 )B307 - 316
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 317 through 331 )B317 - 331
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 332 through 340 )B332 - 340
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 341 through 358 )B341 - 358
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 359 through 377 )B359 - 377
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 378 through 387 )B378 - 387
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 222 through 226 )C222 - 226
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 227 through 231 )C227 - 231
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 232 through 236 )C232 - 236
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 237 through 241 )C237 - 241
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 222 through 226 )D222 - 226
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 227 through 231 )D227 - 231
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 232 through 236 )D232 - 236
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 237 through 241 )D237 - 241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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