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- PDB-6kjl: Xylanase J from Bacillus sp. strain 41M-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kjl
タイトルXylanase J from Bacillus sp. strain 41M-1
要素Endo-1,4-beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / GH11 / xylanase / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate binding module (family 6) / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 ...Carbohydrate binding module (family 6) / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. 41M-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Manami, S. / Teisuke, T. / Nakatani, K. / Katano, K. / Kojima, K. / Saka, N. / Mikami, B. / Yatsunami, R. / Nakamura, S. / Yasukawa, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Science and Technology 日本
引用ジャーナル: Enzyme.Microb.Technol. / 年: 2019
タイトル: Increase in the thermostability of GH11 xylanase XynJ from Bacillus sp. strain 41M-1 using site saturation mutagenesis.
著者: Takita, T. / Nakatani, K. / Katano, Y. / Suzuki, M. / Kojima, K. / Saka, N. / Mikami, B. / Yatsunami, R. / Nakamura, S. / Yasukawa, K.
履歴
登録2019年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase
B: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,63425
ポリマ－72,1282
非ポリマー2,50523
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8520 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area24680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.940, 125.940, 318.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAASNASN(chain 'A' and (resid 1 through 42 or resid 45...AA1 - 412 - 42
12ILEILESERSER(chain 'A' and (resid 1 through 42 or resid 45...AA45 - 14546 - 146
13THRTHRGLYGLY(chain 'A' and (resid 1 through 42 or resid 45...AA148 - 169149 - 170
14METMETTYRTYR(chain 'A' and (resid 1 through 42 or resid 45...AA172 - 176173 - 177
15ALAALAASPASP(chain 'A' and (resid 1 through 42 or resid 45...AA179 - 241180 - 242
16SERSERGLYGLY(chain 'A' and (resid 1 through 42 or resid 45...AA244 - 276245 - 277
17ARGARGILEILE(chain 'A' and (resid 1 through 42 or resid 45...AA279 - 294280 - 295
18ILEILEARGARG(chain 'A' and (resid 1 through 42 or resid 45...AA297 - 327298 - 328
29ALAALAASNASN(chain 'B' and (resid 1 through 42 or resid 45...BB1 - 412 - 42
210ILEILESERSER(chain 'B' and (resid 1 through 42 or resid 45...BB45 - 14546 - 146
211THRTHRGLYGLY(chain 'B' and (resid 1 through 42 or resid 45...BB148 - 169149 - 170
212METMETTYRTYR(chain 'B' and (resid 1 through 42 or resid 45...BB172 - 176173 - 177
213ALAALAASPASP(chain 'B' and (resid 1 through 42 or resid 45...BB179 - 241180 - 242
214SERSERGLYGLY(chain 'B' and (resid 1 through 42 or resid 45...BB244 - 276245 - 277
215ARGARGILEILE(chain 'B' and (resid 1 through 42 or resid 45...BB279 - 294280 - 295
216ILEILEARGARG(chain 'B' and (resid 1 through 42 or resid 45...BB297 - 327298 - 328

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase


分子量: 36064.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. 41M-1 (バクテリア) / 遺伝子: xynJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RC94, endo-1,4-beta-xylanase

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非ポリマー , 5種, 314分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: HEPES, sodium citrate, 2-methyl-2,4-pentanediol, ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→49.395 Å / Num. obs: 55529 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.59 % / Biso Wilson estimate: 48.41 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.45→2.6 Å / 冗長度: 3.09 % / Rmerge(I) obs: 0.632 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 16645 / CC1/2: 0.698 / Rrim(I) all: 0.642 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DCJ

2dcj


解像度: 2.45→45 Å / SU ML: 0.2862 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.0603
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1975 2776 5 %
Rwork0.1691 52741 -
obs0.1705 55517 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5081 0 157 291 5529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085413
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03227362
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0596758
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058954
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.39794158
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.490.32371340.2742553X-RAY DIFFRACTION99.04
2.49-2.540.30651370.25712601X-RAY DIFFRACTION99.93
2.54-2.590.27251370.24332588X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.640.26861340.23692561X-RAY DIFFRACTION99.7
2.64-2.70.26561370.21832601X-RAY DIFFRACTION99.96
2.7-2.760.23681370.21862603X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.830.26631370.21242597X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.910.28551370.20692601X-RAY DIFFRACTION100
2.91-2.990.23861380.21332618X-RAY DIFFRACTION99.93
2.99-3.090.23681370.21332601X-RAY DIFFRACTION99.93
3.09-3.20.25921370.20362611X-RAY DIFFRACTION99.85
3.2-3.330.21031380.17462628X-RAY DIFFRACTION99.96
3.33-3.480.19071380.16542619X-RAY DIFFRACTION99.89
3.48-3.660.16241390.15392634X-RAY DIFFRACTION99.78
3.66-3.890.1861390.14942651X-RAY DIFFRACTION99.89
3.89-4.190.19121410.14572664X-RAY DIFFRACTION100
4.19-4.610.14351400.11922671X-RAY DIFFRACTION99.82
4.61-5.280.1381420.12562699X-RAY DIFFRACTION99.86
5.28-6.650.19831440.15492743X-RAY DIFFRACTION99.83
6.65-450.16261530.17412897X-RAY DIFFRACTION98.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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