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- PDB-6kjk: Structure of the N-terminal domain of PorA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kjk
タイトルStructure of the N-terminal domain of PorA
要素N-terminal domain of PorA (28-171)
キーワードSIGNALING PROTEIN / T9SS cargo protein
機能・相同性T9SS C-terminal target domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Handa, Y. / Sato, K. / Shoji, M. / Nakayama, K. / Imada, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science16H05504 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: PorA, a conserved C-terminal domain-containing protein, impacts the PorXY-SigP signaling of the type IX secretion system.
著者: Yukitake, H. / Shoji, M. / Sato, K. / Handa, Y. / Naito, M. / Imada, K. / Nakayama, K.
履歴
登録2019年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-terminal domain of PorA (28-171)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4981
ポリマ－15,4981
非ポリマー00
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6950 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)67.300, 43.220, 48.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.520, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-253-

HOH

21A-301-

HOH

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要素

#1: タンパク質 N-terminal domain of PorA (28-171)


分子量: 15498.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal GSH, a remnant of the His-tag.
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
株: ATCC 33277 / 遺伝子: PGN_0123 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2RGZ7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3 / 詳細: 0.1M (NH4)2SO4, 26%(w/v) PEG-8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→46.1 Å / Num. obs: 31131 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 13.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.329 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 1548 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
PHENIX1.15.2_3472精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→46.1 Å / SU ML: 0.1312 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.1131
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 1590 5.11 %Random
Rwork0.181 ---
obs0.1821 31128 95.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→46.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数992 0 0 145 1137
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00931026
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0571395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1028161
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075184
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.5935592
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.340.25941450.22612683X-RAY DIFFRACTION95.9
1.34-1.390.24991520.21322677X-RAY DIFFRACTION95.22
1.39-1.450.24041250.2172548X-RAY DIFFRACTION91.26
1.45-1.510.2271570.20282715X-RAY DIFFRACTION97.36
1.51-1.590.22891450.19472689X-RAY DIFFRACTION95.32
1.59-1.690.20671250.18942601X-RAY DIFFRACTION92.25
1.69-1.820.19781540.18112722X-RAY DIFFRACTION96.93
1.82-20.20371630.18192716X-RAY DIFFRACTION97
2-2.290.22291410.17642650X-RAY DIFFRACTION94.26
2.29-2.890.22191440.19022777X-RAY DIFFRACTION97.27
2.89-46.070.16651390.16252760X-RAY DIFFRACTION95.11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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