PDB-6kir: High resolution structure of mouse CXorf40A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kir

タイトル

High resolution structure of mouse CXorf40A

要素

Uncharacterized protein CXorf40 homolog

キーワード

IMMUNE SYSTEM / PUA-like / ASCH domain / Chromosome X / mitochondria

機能・相同性

Protein EOLA1/EOLA2 / ASCH / ASCH domain / ASCH domain / PUA-like superfamily / Protein EOLA1

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Wu, B.X.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: High resolution structure of mouse CXorf40A
著者: Wu, B.X.

履歴

登録	2019年7月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kir.cif.gz	48.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kir.ent.gz	32.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kir.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kir_validation.pdf.gz	426.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kir_full_validation.pdf.gz	427 KB	表示
XML形式データ	6kir_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	6kir_validation.cif.gz	12 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/6kir ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/6kir	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2y6y-d 6o33-d 5ljn-2 6vah-2 3m6o-1 3neg-2 3hnq-4 3m6q-d 4wxk-3 4z9d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein CXorf40 homolog

ヘテロ分子

18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.252, 50.943, 96.292
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-364- HOH
2	1	A-404- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein CXorf40 homolog 分子量: 18278.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9D1F3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 2% Polyethylene glycol 400, 0.1 M Hepes pH7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97736 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97736 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→30 Å / Num. obs: 24456 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 21.1 % / Net I/σ(I): 38.9
反射シェル	解像度: 1.55→1.61 Å / Num. unique obs: 2333

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.55→27.86 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	-	-
R_work	0.181	-	-
obs	-	23168	99.66 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→27.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1269	0	10	104	1383

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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