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- PDB-6kih: Sucrose-phosphate synthase (tll1590) from Thermosynechococcus elo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kih
タイトルSucrose-phosphate synthase (tll1590) from Thermosynechococcus elongatus
要素Tll1590 protein
キーワードTRANSFERASE / Sucrose-phosphate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase 4-like domain / : / Glycosyltransferase subfamily 4-like, N-terminal domain / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose-6-phosphate / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Tll1590 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Su, J.
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2020
タイトル: Co-crystal Structure ofThermosynechococcus elongatusSucrose Phosphate Synthase With UDP and Sucrose-6-Phosphate Provides Insight Into Its Mechanism of Action Involving an Oxocarbenium ...タイトル: Co-crystal Structure ofThermosynechococcus elongatusSucrose Phosphate Synthase With UDP and Sucrose-6-Phosphate Provides Insight Into Its Mechanism of Action Involving an Oxocarbenium Ion and the Glycosidic Bond.
著者: Li, Y. / Yao, Y. / Yang, G. / Tang, J. / Ayala, G.J. / Li, X. / Zhang, W. / Han, Q. / Yang, T. / Wang, H. / Mayo, K.H. / Su, J.
履歴
登録2019年7月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tll1590 protein
B: Tll1590 protein
C: Tll1590 protein
D: Tll1590 protein
E: Tll1590 protein
F: Tll1590 protein
G: Tll1590 protein
H: Tll1590 protein
I: Tll1590 protein
J: Tll1590 protein
K: Tll1590 protein
L: Tll1590 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)612,91533
ポリマ－604,26412
非ポリマー8,65021
水00
1
A: Tll1590 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1823
ポリマ－50,3551
非ポリマー8262
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area650 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16320 Å2
手法PISA
2
B: Tll1590 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7602
ポリマ－50,3551
非ポリマー4041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area16180 Å2
手法PISA
3
C: Tll1590 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1823
ポリマ－50,3551
非ポリマー8262
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16260 Å2
手法PISA
4
D: Tll1590 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1823
ポリマ－50,3551
非ポリマー8262
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area16190 Å2
手法PISA
5
E: Tll1590 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1823
ポリマ－50,3551
非ポリマー8262
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area650 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16320 Å2
手法PISA
6
F: Tll1590 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1823
ポリマ－50,3551
非ポリマー8262
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16140 Å2
手法PISA
7
G: Tll1590 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7602
ポリマ－50,3551
非ポリマー4041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15950 Å2
手法PISA
8
H: Tll1590 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1823
ポリマ－50,3551
非ポリマー8262
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area650 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16270 Å2
手法PISA
9
I: Tll1590 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1823
ポリマ－50,3551
非ポリマー8262
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area650 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16350 Å2
手法PISA
10
J: Tll1590 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7602
ポリマ－50,3551
非ポリマー4041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area16160 Å2
手法PISA
11
K: Tll1590 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1823
ポリマ－50,3551
非ポリマー8262
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area650 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16240 Å2
手法PISA
12
L: Tll1590 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1823
ポリマ－50,3551
非ポリマー8262
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area680 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.662, 170.835, 160.546
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.430, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Tll1590 protein / Sucrose-phosphate synthase


分子量: 50355.359 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
遺伝子: tll1590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DIJ5
#2: 多糖
6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose-6-phosphate


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 422.277 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose-6-phosphate
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5_6*OPO/3O/3=O][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}[(6+0)][P]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→19.9 Å / Num. obs: 122717 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 3→3.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.855 / Num. unique obs: 5683

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17_3644 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3c4q

3c4q


解像度: 3→19.9 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2776 2000 1.63 %
Rwork0.2661 120673 -
obs0.268 122673 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 176.12 Å2 / Biso mean: 80.6966 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数37617 0 543 0 38160
Biso mean--77.06 --
残基数----4794
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.080.35421370.32568247838495
3.08-3.160.32871430.287986498792100
3.16-3.260.35621430.2786688811100
3.26-3.360.32221440.258886368780100
3.36-3.480.3521430.244586838826100
3.48-3.620.35421440.228786708814100
3.62-3.780.27991450.213186958840100
3.78-3.980.30011430.213586528795100
3.98-4.230.29811430.200286438786100
4.23-4.550.24841420.17798584872699
4.55-50.23961430.16968648879199
5-5.710.24371440.18698681882599
5.71-7.140.27841420.20788565870798
7.14-19.90.21981440.1758652879698

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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