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- PDB-6ki3: The crystal structure of AsfvAP:dF commplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ki3
タイトルThe crystal structure of AsfvAP:dF commplex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*TP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*(3DR)P*CP*GP*AP*CP*GP*AP*G)-3')
  • Probable AP endonuclease
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / EndonucleaseIV / ASFV / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / exonuclease activity / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / DNA repair / host cell nucleus / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
AP endonuclease 2, zinc binding site / AP endonucleases family 2 signature 3. / AP endonucleases family 2 profile. / AP endonuclease 2 / AP endonuclease family 2 / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Probable AP endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.354 Å
データ登録者Chen, Y. / Gan, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31370728 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2020
タイトル: A unique DNA-binding mode of African swine fever virus AP endonuclease.
著者: Chen, Y. / Chen, X. / Huang, Q. / Shao, Z. / Gao, Y. / Li, Y. / Yang, C. / Liu, H. / Li, J. / Wang, Q. / Ma, J. / Zhang, Y.Z. / Gu, Y. / Gan, J.
履歴
登録2019年7月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable AP endonuclease
C: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*(3DR)P*CP*GP*AP*CP*GP*AP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*G)-3')
B: Probable AP endonuclease
F: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*C)-3')
G: DNA (5'-D(P*(3DR)P*CP*GP*AP*CP*GP*AP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,60614
ポリマ－88,2148
非ポリマー3926
水1,60389
1
A: Probable AP endonuclease
C: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*(3DR)P*CP*GP*AP*CP*GP*AP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3037
ポリマ－44,1074
非ポリマー1963
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area16170 Å2
手法PISA
2
B: Probable AP endonuclease
F: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*C)-3')
G: DNA (5'-D(P*(3DR)P*CP*GP*AP*CP*GP*AP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3037
ポリマ－44,1074
非ポリマー1963
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area16820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.637, 84.698, 98.585
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.660, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Probable AP endonuclease / APE


分子量: 33842.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus (isolate Tick/South Africa/Pretoriuskop Pr4/1996) (ウイルス)
株: isolate Tick/South Africa/Pretoriuskop Pr4/1996 / 遺伝子: Pret-146 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0C9C6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ

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DNA鎖 , 3種, 6分子 CFDGEH

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*C)-3')


分子量: 2716.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*(3DR)P*CP*GP*AP*CP*GP*AP*G)-3')


分子量: 2327.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*TP*CP*GP*TP*CP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*G)-3')


分子量: 5220.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)

-
非ポリマー , 2種, 95分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.72 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 13% w/v PEG 10,000 0.1 M Ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 34031 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 30.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.162 / Χ2: 0.909 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 112297
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.35-2.392.60.52616410.6230.3670.6450.87795.9
2.39-2.432.60.51916460.6470.360.6360.9196.5
2.43-2.482.60.44616500.7390.3180.5510.90196
2.48-2.532.80.43916860.7180.3030.5370.93597.3
2.53-2.593.20.43516680.7860.2840.5220.92198.1
2.59-2.653.20.41817270.7750.2690.4990.93698.9
2.65-2.713.30.37316600.870.2370.4440.97698.6
2.71-2.793.30.34716980.8370.220.4130.9598.9
2.79-2.873.40.31116910.8950.1950.3690.97299
2.87-2.963.40.2717400.9110.1690.320.9799.5
2.96-3.073.40.23316830.9440.1450.2750.95898.8
3.07-3.193.20.18617000.9640.1190.2220.98898.2
3.19-3.333.30.15417050.9730.0970.1820.96599
3.33-3.513.70.14617260.9690.0880.1710.96299.8
3.51-3.733.70.13917060.9740.0820.1621.04899.8
3.73-4.023.70.12117340.9730.0730.1420.93999.5
4.02-4.423.60.10917290.9740.0650.1280.85799.7
4.42-5.063.40.117350.9690.0630.1190.76799.1
5.06-6.363.90.10317280.9730.060.120.72499.6
6.36-303.60.09517780.9820.0570.1120.68499.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.354→28.348 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 25.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2436 1550 5.02 %
Rwork0.2076 --
obs0.2094 30862 89.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.19 Å2 / Biso mean: 38.6675 Å2 / Biso min: 14.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.354→28.348 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4574 1368 6 89 6037
Biso mean--24.03 33.11 -
残基数----666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036218
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.578734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411002
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003866
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7233387
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.354-2.42960.2926930.2823166457
2.4296-2.51640.31671190.2676197267
2.5164-2.61710.27961080.2568246183
2.6171-2.73610.30471500.2629268190
2.7361-2.88020.30451480.2543281395
2.8802-3.06050.31161610.2524293798
3.0605-3.29640.27821500.2259289397
3.2964-3.62760.24061340.2062297599
3.6276-4.15110.21921580.1833295899
4.1511-5.22460.20441520.1662296999
5.2246-28.3480.18791770.1703298998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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