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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kho | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Oryza sativa TDC with PLP | ||||||
要素 | Tryptophan decarboxylase 1 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / amino acid decarboxylase / TRANSFERASE (転移酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 serotonin biosynthetic process from tryptophan / L-tryptophan decarboxylase activity / 5-hydroxy-L-tryptophan decarboxylase activity / aromatic-L-amino-acid decarboxylase / carboxy-lyase activity / pyridoxal phosphate binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryza sativa subsp. japonica (イネ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.972 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, Y.Z. / Liao, L.J. / Liu, X.K. / Guo, Y. / Zhao, Y.C. / Zeng, Z.X. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Adv Res / 年: 2020 タイトル: Crystal structure ofOryza sativaTDC reveals the substrate specificity for TDC-mediated melatonin biosynthesis. 著者: Zhou, Y. / Liao, L. / Liu, X. / Liu, B. / Chen, X. / Guo, Y. / Huang, C. / Zhao, Y. / Zeng, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kho.cif.gz | 202.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kho.ent.gz | 167.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kho.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/6kho ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/6kho | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 55762.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ) 遺伝子: TDC1, Os08g0140300, LOC_Os08g04540, OJ1368_G08.14, OsJ_25993 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q6ZJK7, 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離 |
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-非ポリマー , 5種, 520分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.85 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG 1000, Imidazole/Hydrochloric acid, Calcium acetate PH範囲: 7.2-8.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 98063 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 33.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 39.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.03 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 2.476 / Num. unique obs: 9359 / CC1/2: 0.844 / Rsym value: 0.625 / % possible all: 93.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.972→42.717 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.51
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.32 Å2 / Biso mean: 37.1049 Å2 / Biso min: 20.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.972→42.717 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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