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- PDB-6khm: Lipase (Open form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6khm
タイトルLipase (Open form)
要素Hydrolase, alpha/beta domain protein
キーワードHYDROLASE / lipase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
propane-1,1-diol / pentane-1,1-diol / hexane-1,1-diol / heptane-1,1-diol / octane-1,1-diol / Hydrolase, alpha/beta domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cutibacterium acnes HL110PA4 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kim, H.J. / Kwon, A.R.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)2017R1D1A1B03033857 韓国
National Research Foundation (Korea)2018R1A5A2024425 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Closed, blocked, and open states of lipase from type II Cutibacterium acnes
著者: Kim, H.J. / Lee, B.J. / Kwon, A.R.
履歴
登録2019年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrolase, alpha/beta domain protein
B: Hydrolase, alpha/beta domain protein
C: Hydrolase, alpha/beta domain protein
D: Hydrolase, alpha/beta domain protein
E: Hydrolase, alpha/beta domain protein
F: Hydrolase, alpha/beta domain protein
G: Hydrolase, alpha/beta domain protein
H: Hydrolase, alpha/beta domain protein
I: Hydrolase, alpha/beta domain protein
J: Hydrolase, alpha/beta domain protein
K: Hydrolase, alpha/beta domain protein
L: Hydrolase, alpha/beta domain protein
M: Hydrolase, alpha/beta domain protein
N: Hydrolase, alpha/beta domain protein
O: Hydrolase, alpha/beta domain protein
P: Hydrolase, alpha/beta domain protein
Q: Hydrolase, alpha/beta domain protein
R: Hydrolase, alpha/beta domain protein
S: Hydrolase, alpha/beta domain protein
T: Hydrolase, alpha/beta domain protein
U: Hydrolase, alpha/beta domain protein
V: Hydrolase, alpha/beta domain protein
X: Hydrolase, alpha/beta domain protein
Y: Hydrolase, alpha/beta domain protein
W: Hydrolase, alpha/beta domain protein
Z: Hydrolase, alpha/beta domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)899,27752
ポリマ－896,26126
非ポリマー3,01626
水45,3082515
1
A: Hydrolase, alpha/beta domain protein
B: Hydrolase, alpha/beta domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2224
ポリマ－68,9432
非ポリマー2782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area22390 Å2
手法PISA
2
C: Hydrolase, alpha/beta domain protein
D: Hydrolase, alpha/beta domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1514
ポリマ－68,9432
非ポリマー2082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area22520 Å2
手法PISA
3
E: Hydrolase, alpha/beta domain protein
F: Hydrolase, alpha/beta domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1654
ポリマ－68,9432
非ポリマー2222
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area22550 Å2
手法PISA
4
G: Hydrolase, alpha/beta domain protein
H: Hydrolase, alpha/beta domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1374
ポリマ－68,9432
非ポリマー1942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area22510 Å2
手法PISA
5
I: Hydrolase, alpha/beta domain protein
J: Hydrolase, alpha/beta domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1794
ポリマ－68,9432
非ポリマー2362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area22710 Å2
手法PISA
6
K: Hydrolase, alpha/beta domain protein
L: Hydrolase, alpha/beta domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1794
ポリマ－68,9432
非ポリマー2362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area23070 Å2
手法PISA
7
M: Hydrolase, alpha/beta domain protein
N: Hydrolase, alpha/beta domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2084
ポリマ－68,9432
非ポリマー2642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area22760 Å2
手法PISA
8
O: Hydrolase, alpha/beta domain protein
P: Hydrolase, alpha/beta domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1514
ポリマ－68,9432
非ポリマー2082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area22730 Å2
手法PISA
9
Q: Hydrolase, alpha/beta domain protein
R: Hydrolase, alpha/beta domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2224
ポリマ－68,9432
非ポリマー2782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area22650 Å2
手法PISA
10
S: Hydrolase, alpha/beta domain protein
T: Hydrolase, alpha/beta domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1514
ポリマ－68,9432
非ポリマー2082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area22780 Å2
手法PISA
11
U: Hydrolase, alpha/beta domain protein
V: Hydrolase, alpha/beta domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1794
ポリマ－68,9432
非ポリマー2362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area22580 Å2
手法PISA
12
X: Hydrolase, alpha/beta domain protein
Y: Hydrolase, alpha/beta domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1944
ポリマ－68,9432
非ポリマー2502
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area22500 Å2
手法PISA
13
W: Hydrolase, alpha/beta domain protein
Z: Hydrolase, alpha/beta domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1374
ポリマ－68,9432
非ポリマー1942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area22740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.857, 185.857, 205.099
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 26分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVXYWZ

#1: タンパク質 ...
Hydrolase, alpha/beta domain protein


分子量: 34471.570 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cutibacterium acnes HL110PA4 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF9578_02569 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E6DAE5

-
非ポリマー , 6種, 2541分子

#2: 化合物
ChemComp-DKL / heptane-1,1-diol / 1,1-ヘプタンジオ-ル


分子量: 132.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DKO / octane-1,1-diol


分子量: 146.227 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-DK6 / propane-1,1-diol / 1,1-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-DKF / hexane-1,1-diol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-DK9 / pentane-1,1-diol


分子量: 104.148 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 2M (NH4)2SO4, 0.2M MgCl2, and 0.1M Bis-Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 310189 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.48 / Num. unique obs: 15265 / Rpim(I) all: 0.18

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KHK

6khk


解像度: 2.4→28.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 8.903 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.583 / ESU R Free: 0.291
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2557 15636 5 %RANDOM
Rwork0.1846 ---
obs0.1881 294293 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 125.33 Å2 / Biso mean: 30.339 Å2 / Biso min: 2.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→28.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数61283 0 204 2515 64002
Biso mean--45.31 29.01 -
残基数----8053
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01362936
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01756744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6861.63685463
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3431.584130963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2658028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.08122.0153494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.413159455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.60315457
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.28054
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0272690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0213745
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.458 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 1170 -
Rwork0.233 21457 -
obs--98.14 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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