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万見
- PDB-6kgp: LSD1-S2157 N5 adduct model -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kgp
タイトルLSD1-S2157 N5 adduct model
要素Lysine-specific histone demethylase 1A
キーワードOXIDOREDUCTASE / DEMETHYLASE / AMINE OXIDASE / CHROMATIN / HISTONE / FAD / MECHANISM-BASED INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


guanine metabolic process / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / muscle cell development / neuron maturation ...guanine metabolic process / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / muscle cell development / neuron maturation / positive regulation of neural precursor cell proliferation / regulation of androgen receptor signaling pathway / MRF binding / DNA repair complex / DNA repair-dependent chromatin remodeling / nuclear androgen receptor binding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of stem cell proliferation / negative regulation of DNA binding / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of cell size / histone demethylase activity / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to fungicide / cellular response to cAMP / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / nuclear receptor coactivator activity / negative regulation of protein binding / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of protein ubiquitination / HDACs deacetylate histones / promoter-specific chromatin binding / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to gamma radiation / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / regulation of protein localization / cellular response to UV / p53 binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / flavin adenine dinucleotide binding / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / oxidoreductase activity / transcription coactivator activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone lysine-specific demethylase / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...Histone lysine-specific demethylase / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DJ0 / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / L(+)-TARTARIC ACID / Lysine-specific histone demethylase 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Niwa, H. / Sato, S. / Umehara, T.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2020
タイトル: Development and Structural Evaluation of N-Alkylated trans-2-Phenylcyclopropylamine-Based LSD1 Inhibitors.
著者: Niwa, H. / Sato, S. / Handa, N. / Sengoku, T. / Umehara, T. / Yokoyama, S.
履歴
登録2019年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific histone demethylase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,09810
ポリマ－74,3331
非ポリマー1,7649
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area29920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.703, 185.703, 108.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lysine-specific histone demethylase 1A / BRAF35-HDAC complex protein BHC110 / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 2


分子量: 74333.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM1A, AOF2, KDM1, KIAA0601, LSD1 / プラスミド: PETDUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE3) / 参照: UniProt: O60341, 酸化還元酵素

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非ポリマー , 5種, 199分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物 ChemComp-DJ0 / 3-[3,5-bis(fluoranyl)-2-phenylmethoxy-phenyl]propanal


分子量: 276.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C16H14F2O2
#5: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
非ポリマーの詳細6KGO and 6KGP use the same data but have ligand models with possible different configurations.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M MES (pH 6.2-6.3), 0.2M diammonium tartrate, 0.0005M TCEP, 10% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→48.06 Å / Num. obs: 52531 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.8 % / Biso Wilson estimate: 46.81 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.11 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 14.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4503 / CC1/2: 0.773 / Rpim(I) all: 0.653 / Rrim(I) all: 2.56 / Rsym value: 2.474 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998+SVN精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→44.6 Å / SU ML: 0.2902 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.4056
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2043 5004 5.04 %
Rwork0.1731 --
obs0.1747 52484 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 62.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→44.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5066 0 119 190 5375
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00715303
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83947189
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0505799
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055968
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.89683209
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.280.37141810.32343111X-RAY DIFFRACTION99.76
2.28-2.30.34471660.30983138X-RAY DIFFRACTION99.73
2.3-2.330.36011500.30183169X-RAY DIFFRACTION99.94
2.33-2.360.33411820.28893152X-RAY DIFFRACTION99.94
2.36-2.390.31181960.26983097X-RAY DIFFRACTION99.94
2.39-2.420.30651660.26253140X-RAY DIFFRACTION99.94
2.42-2.460.33221370.25753152X-RAY DIFFRACTION99.91
2.46-2.50.27161680.24533139X-RAY DIFFRACTION99.85
2.5-2.530.28561760.23763158X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.580.31041230.23173172X-RAY DIFFRACTION99.91
2.58-2.620.26751980.21273134X-RAY DIFFRACTION99.97
2.62-2.670.25171780.21113097X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.720.26351360.2023201X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.770.24041470.19633150X-RAY DIFFRACTION99.94
2.77-2.830.18911430.19023158X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.90.251490.19243165X-RAY DIFFRACTION100
2.9-2.970.221780.19813125X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.050.23691410.2043172X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.140.25851800.18713144X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.240.22291970.18533106X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.360.23161570.17353169X-RAY DIFFRACTION99.97
3.36-3.50.22321560.17293140X-RAY DIFFRACTION100
3.5-3.650.1741920.17053125X-RAY DIFFRACTION99.97
3.65-3.850.21371570.15693149X-RAY DIFFRACTION100
3.85-4.090.18491690.13593133X-RAY DIFFRACTION100
4.09-4.40.14182060.13283128X-RAY DIFFRACTION99.91
4.4-4.850.1681890.12923103X-RAY DIFFRACTION99.91
4.85-5.550.14821780.14443123X-RAY DIFFRACTION99.91
5.55-6.980.19581780.15963135X-RAY DIFFRACTION99.76
6.98-44.60.13361300.13893155X-RAY DIFFRACTION98.8
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.83236423865-1.38158239324-0.4155267472612.805412261330.3573465612820.98986235113-0.05990146496330.06970387976710.04275845991550.1969314077070.0730761702823-0.3007705410680.1533865894020.170923448866-0.01491118865480.42877182808-0.0523429361546-0.03133824171540.384697295807-0.02510467571950.31769610548144.480232682638.1670687317-22.2191782749
20.5326873280190.5881302598140.58160901284.283118913275.764636722497.16690913170.0826454133436-0.1339262480350.267262853434-0.04265313483260.179751553517-0.19898280119-0.604964917750.569751415442-0.1580345853130.896106690461-0.176136307340.02084293248680.566828785012-0.08952165806780.59082537611935.327813765481.794003294229.5234025786
31.14039559698-0.4281964902740.04926240019862.161087243810.7352650105922.079826275680.0162941981244-0.0215682003695-0.02558409187460.202874464044-0.02543287146420.07248081649180.0811495395692-0.1897904259340.004050467261580.322937396422-0.08174285556830.01667831618150.353238779924-0.005678744912810.29603235213825.579593099947.2812890161-14.5270846697
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 172 through 371 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 372 through 513 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 514 through 832 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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