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- PDB-6kf5: Microbial Hormone-sensitive lipase E53 mutant I256L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kf5
タイトルMicrobial Hormone-sensitive lipase E53 mutant I256L
要素Lipase
キーワードHYDROLASE / Esterase / Microbial Hormone-sensitive lipase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SUPEROXO ION / HEXANOIC ACID / (4-nitrophenyl) hexanoate / Lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Erythrobacter longus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Yang, X. / Li, Z.Y. / Li, J. / Xu, X.W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)31770004 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Microbial Hormone-sensitive lipase E53 mutant I256L
著者: Yang, X. / Yingyi, H. / Li, Z.Y. / Shuling, J. / Zhen, R. / Zhao, W. / Xiaojian, H. / Henglin, C. / Li, J. / Xu, X.W.
履歴
登録2019年7月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipase
B: Lipase
C: Lipase
D: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,65521
ポリマ－132,6354
非ポリマー2,02017
水18,7721042
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.772, 129.603, 219.707
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Space group name HallP22ab(y,z,x)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y,-z+1/2
#3: -x,y,-z
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-718-

HOH

21B-730-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Lipase


分子量: 33158.730 Da / 分子数: 4 / 変異: I256L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Erythrobacter longus (バクテリア)
遺伝子: EH31_02760
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A074MDU6

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非ポリマー , 6種, 1059分子

#2: 化合物
ChemComp-D8F / (4-nitrophenyl) hexanoate


分子量: 237.252 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-6NA / HEXANOIC ACID / ヘキサン酸


分子量: 116.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-2FK / SUPEROXO ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1042 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Calcium chloride, Bis-Tris, PEG MME 550, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→19.5 Å / Num. obs: 119275 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 27.23 Å2 / CC1/2: 0.178 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.09→2.13 Å / Num. unique obs: 11668 / CC1/2: 0.893

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YPV

4ypv


解像度: 2.09→19.5 Å / SU ML: 0.2038 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.3992
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 5874 4.93 %
Rwork0.1829 --
obs0.1844 119096 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→19.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9111 0 138 1042 10291
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00739438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.877512853
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05261475
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00611701
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.62375681
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.09-2.120.27922050.23253601X-RAY DIFFRACTION97.02
2.12-2.140.26562020.22823751X-RAY DIFFRACTION99.6
2.14-2.170.23541970.21663708X-RAY DIFFRACTION99.87
2.17-2.20.24931810.20623740X-RAY DIFFRACTION99.82
2.2-2.220.24471940.20383742X-RAY DIFFRACTION99.72
2.22-2.250.2622190.20123702X-RAY DIFFRACTION99.67
2.25-2.290.2562000.19713754X-RAY DIFFRACTION99.75
2.29-2.320.24462100.18933704X-RAY DIFFRACTION99.8
2.32-2.360.22911860.19113805X-RAY DIFFRACTION99.73
2.36-2.40.2051950.18423701X-RAY DIFFRACTION99.87
2.4-2.440.23162140.19123770X-RAY DIFFRACTION99.95
2.44-2.480.21641970.18773720X-RAY DIFFRACTION99.9
2.48-2.530.25211840.18693794X-RAY DIFFRACTION99.95
2.53-2.580.21851640.18123776X-RAY DIFFRACTION99.95
2.58-2.640.20881980.18063790X-RAY DIFFRACTION99.92
2.64-2.70.21922240.1813713X-RAY DIFFRACTION99.95
2.7-2.760.1941890.17763781X-RAY DIFFRACTION99.95
2.76-2.840.20921940.17643804X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.920.23671990.18413764X-RAY DIFFRACTION99.97
2.92-3.020.19611890.17643800X-RAY DIFFRACTION99.95
3.02-3.120.22781710.18523791X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.250.22831770.18093831X-RAY DIFFRACTION99.98
3.25-3.40.18152090.18143803X-RAY DIFFRACTION99.9
3.4-3.570.2162030.17153772X-RAY DIFFRACTION99.8
3.57-3.80.20022100.17473798X-RAY DIFFRACTION99.68
3.8-4.090.20571970.15923824X-RAY DIFFRACTION99.55
4.09-4.490.17421920.15393845X-RAY DIFFRACTION99.75
4.49-5.130.17981920.16113854X-RAY DIFFRACTION99.58
5.13-6.430.23441790.20383927X-RAY DIFFRACTION99.44
6.43-19.50.2152030.21283857X-RAY DIFFRACTION95.17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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