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- PDB-6ke5: Structure of CavAb in complex with Diltiazem and Amlodipine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ke5
タイトルStructure of CavAb in complex with Diltiazem and Amlodipine
要素Ion transport protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Voltage gated Ion Channel / Voltage-gated Calcium Channel / Block / Tetrameric
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
amlodipine / Chem-D6C / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / [1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE / Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arcobacter butzleri RM4018 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.803 Å
データ登録者Tang, L.
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for Diltiazem Block of a Voltage-Gated Ca2+Channel.
著者: Tang, L. / Gamal El-Din, T.M. / Lenaeus, M.J. / Zheng, N. / Catterall, W.A.
履歴
登録2019年7月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
C: Ion transport protein
D: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,04117
ポリマ－131,8314
非ポリマー3,21013
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16520 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area48660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.730, 124.990, 191.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Ion transport protein


分子量: 32957.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arcobacter butzleri RM4018 (バクテリア)
株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5

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非ポリマー , 6種, 14分子

#2: 化合物 ChemComp-LPC / [1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE / O-(1-O-ミリストイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 468.585 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H47NO7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-G3P / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル3-りん酸


分子量: 172.074 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-6UB / amlodipine / ~{O}3-ethyl ~{O}5-methyl (4~{S})-2-(2-azanylethoxymethyl)-4-(2-chlorophenyl)-6-methyl-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate / (S)-アムロジピン


分子量: 408.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25ClN2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: チャネルブロッカー*YM
#6: 化合物 ChemComp-D6C / [(2~{S},3~{R})-5-[2-(dimethylamino)ethyl]-2-(4-methoxyphenyl)-4-oxidanylidene-2,3-dihydro-1,5-benzothiazepin-3-yl] ethanoate / l-trans-ジルチアゼム


分子量: 414.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→44.706 Å / Num. obs: 66929 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 9478 / CC1/2: 0.861 / % possible all: 89.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.803→44.706 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.48 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2921 3532 5.28 %
Rwork0.2486 63571 -
obs0.2522 66882 90.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 244.37 Å2 / Biso mean: 80.8363 Å2 / Biso min: 20.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.803→44.706 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7402 0 173 1 7576
Biso mean--59.28 48.72 -
残基数----902
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0167769
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.70510558
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1451262
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0121243
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3122695
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8032-2.85150.30441410.3433016315782
2.8515-2.90330.34411780.3423081325984
2.9033-2.95920.31261550.32723157331287
2.9592-3.01950.36311370.32083214335188
3.0195-3.08510.3131920.28773165335786
3.0851-3.15690.34131700.29243201337187
3.1569-3.23580.33881560.28863192334887
3.2358-3.32320.29781800.25493219339987
3.3232-3.42090.2871610.24323219338087
3.4209-3.53130.27311640.2363214337887
3.5313-3.65740.28951890.23013173336286
3.6574-3.80360.25541560.23823248340488
3.8036-3.97650.26231740.23493182335687
3.9765-4.18590.29631640.24623246341087
4.1859-4.44770.28641550.25283212336787
4.4477-4.79050.25571740.23123199337386
4.7905-5.27120.30831530.22313200335386
5.2712-6.0310.32811740.24643189336384
6.031-7.5870.3131670.27493113328082
7.587-36.3380.26091440.22433131327579

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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