PDB-6kd3: Structural and catalytic analysis of two diverse uridine phosphor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kd3

タイトル

Structural and catalytic analysis of two diverse uridine phosphorylases in the oomycete Phytophthora capsici.

要素

Uridine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / uridine phosphorylase / phytophthora capsici

機能・相同性

Nucleoside phosphorylase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

Phytophthora capsici LT1534 (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.764 Å

データ登録者

Yang, C.C. / Zhang, X.G.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Structural and catalytic analysis of two diverse uridine phosphorylases in the oomycete Phytophthora capsici.
著者: Yang, C.C. / Zhang, X.G.

履歴

登録	2019年6月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kd3.cif.gz	113.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kd3.ent.gz	84.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kd3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kd3_validation.pdf.gz	438.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kd3_full_validation.pdf.gz	465.1 KB	表示
XML形式データ	6kd3_validation.xml.gz	25 KB	表示
CIF形式データ	6kd3_validation.cif.gz	33.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/6kd3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/6kd3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3euf-1 3nbq-2 4rwn-d 3p0e-2 3bpm-d 5e1c-d 3nbq-1 2bmh-1 3euf-2 2v0m-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uridine phosphorylase

B: Uridine phosphorylase

69.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.836, 66.386, 261.061
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.770, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Uridine phosphorylase 分子量: 34856.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Phytophthora capsici LT1534 (真核生物) 株: LT1534 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: uridine phosphorylase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Ammonium iodide, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月3日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.76→50 Å / Num. obs: 31606 / % possible obs: 82 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.235 / Net I/σ(I): 6.39
反射シェル	解像度: 2.76→2.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1242 / % possible all: 84.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.764→47.45 Å / SU ML: 0.73 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 54.03

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4278	1585	5.01 %
R_work	0.3855	-	-
obs	0.3877	31606	67.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 103.77 Å² / B_iso mean: 32.1619 Å² / B_iso min: 3.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.764→47.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3832	0	0	62	3894
B_iso mean	-	-	-	25.94	-
残基数	-	-	-	-	588

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.768-2.8529	0.3386	50	0.3121	1038	26
2.8529-2.9548	0.3743	95	0.35	1791	45
2.9548-3.0731	0.4139	121	0.376	2249	57
3.0731-3.2129	0.4309	149	0.3693	2706	68
3.2129-3.3823	0.3993	164	0.3627	3040	76
3.3823-3.5941	0.4275	175	0.358	3225	81
3.5941-3.8715	0.4298	160	0.3578	3236	79
3.8715-4.2609	0.3952	185	0.3697	3164	79
4.2609-4.8769	0.4296	142	0.3702	3137	77
4.8769-6.1423	0.4506	190	0.4153	3157	78
6.1423-47.4	0.471	154	0.4599	3278	78

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)