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万見
- PDB-6kd3: Structural and catalytic analysis of two diverse uridine phosphor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kd3
タイトルStructural and catalytic analysis of two diverse uridine phosphorylases in the oomycete Phytophthora capsici.
要素Uridine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / uridine phosphorylase / phytophthora capsici
機能・相同性Nucleoside phosphorylase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Phytophthora capsici LT1534 (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.764 Å
データ登録者Yang, C.C. / Zhang, X.G.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structural and catalytic analysis of two diverse uridine phosphorylases in the oomycete Phytophthora capsici.
著者: Yang, C.C. / Zhang, X.G.
履歴
登録2019年6月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7142
ポリマ－69,7142
非ポリマー00
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area22810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.836, 66.386, 261.061
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.770, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Uridine phosphorylase


分子量: 34856.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phytophthora capsici LT1534 (真核生物)
株: LT1534 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: uridine phosphorylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Ammonium iodide, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月3日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→50 Å / Num. obs: 31606 / % possible obs: 82 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Net I/σ(I): 6.39
反射 シェル解像度: 2.76→2.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1242 / % possible all: 84.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.764→47.45 Å / SU ML: 0.73 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 54.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4278 1585 5.01 %
Rwork0.3855 --
obs0.3877 31606 67.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.77 Å2 / Biso mean: 32.1619 Å2 / Biso min: 3.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.764→47.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3832 0 0 62 3894
Biso mean---25.94 -
残基数----588
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.768-2.85290.3386500.3121103826
2.8529-2.95480.3743950.35179145
2.9548-3.07310.41391210.376224957
3.0731-3.21290.43091490.3693270668
3.2129-3.38230.39931640.3627304076
3.3823-3.59410.42751750.358322581
3.5941-3.87150.42981600.3578323679
3.8715-4.26090.39521850.3697316479
4.2609-4.87690.42961420.3702313777
4.8769-6.14230.45061900.4153315778
6.1423-47.40.4711540.4599327878

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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