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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kcp | |||||||||
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タイトル | Shuguo PWWP in complex with ssDNA | |||||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Shuguo / PWWP / histone reader / DNA binding / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / chromatin remodeling / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Liu, Y.C. / Huang, Y. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Shuguo PWWP in complex with ssDNA 著者: Liu, Y.C. / Huang, Y. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9658.010 Da / 分子数: 4 / 断片: PWWP domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Dmel\CG7946, CG7946, Dmel_CG7946 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | | 分子量: 1476.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.38 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, 25% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97776 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 27752 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.291 / Num. unique obs: 2779 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6KD6 解像度: 1.8→26.162 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.85
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→26.162 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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