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万見
- PDB-6kbh: Crystal structure of an intact type IV self-sufficient cytochrome... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kbh
タイトルCrystal structure of an intact type IV self-sufficient cytochrome P450 monooxygenase
要素Cytochrome P450 monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 / Monooxygenase / FES / HEM
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
: / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain ...: / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. ECU0066 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gong, R. / Wu, L.J. / Zhang, Y. / Liu, Z. / Dou, S. / Zhang, R.G. / Xu, J.H. / Tang, C. / Zhou, J.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of an intact type IV self-sufficient cytochrome P450 monooxygenase
著者: Gong, R. / Wu, L.J. / Zhang, Y. / Liu, Z. / Dou, S. / Zhang, R.G. / Xu, J.H. / Tang, C. / Zhou, J.H.
履歴
登録2019年6月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5504
ポリマ－87,3011
非ポリマー1,2493
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area32070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.762, 55.484, 135.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.120, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 monooxygenase


分子量: 87301.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus sp. ECU0066 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C7SFP5
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Ethylene glycol, PEG 8000, Magnesium Chloride, Calcium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月11日
放射モノクロメーター: MD2 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→46.886 Å / Num. obs: 30181 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.505 % / Biso Wilson estimate: 75.78 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 16.95 / Num. measured all: 135970
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.6-2.764.420.7062.0120962488147430.8510.80297.2
2.76-2.954.550.3823.6720779457445670.9560.43299.8
2.95-3.184.6810.1986.6619785423642270.9860.22299.8
3.18-3.484.4140.10411.2917335394039270.9950.11899.7
3.48-3.894.6450.05820.1716519356835560.9980.06599.7
3.89-4.494.4840.03730.4814157317231570.9990.04299.5
4.49-5.494.5830.03137.2712370270426990.9990.03599.8
5.49-7.714.3040.03140.438973209420850.9990.03599.6
7.71-46.8864.1720.02749.275090124412200.9990.03198.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→46.886 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2772 1494 4.96 %
Rwork0.2359 --
obs0.2379 30121 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 154.92 Å2 / Biso mean: 96.4756 Å2 / Biso min: 52.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→46.886 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5975 0 78 6 6059
Biso mean--81.56 69.94 -
残基数----765
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066214
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1278472
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052921
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061113
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1843703
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.599-2.68280.48961470.37982448259595
2.6828-2.77870.38671520.3522589274199
2.7787-2.890.42631290.33672594272399
2.89-3.02150.38761220.316726012723100
3.0215-3.18070.29771420.302225632705100
3.1807-3.380.40021360.293126202756100
3.38-3.64080.30771440.26782586273099
3.6408-4.0070.31491400.242326242764100
4.007-4.58640.2411310.209726132744100
4.5864-5.77680.26211250.215226582783100
5.7768-46.89320.19331260.18962731285799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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