PDB-6k9z: STRUCTURE OF URIDYLYLTRANSFERASE MUTANT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6k9z

タイトル

STRUCTURE OF URIDYLYLTRANSFERASE MUTANT

要素

Galactose-1-phosphate uridylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / half-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-glucose-hexose-1-phosphate uridylyltransferase / UDP-glucose:hexose-1-phosphate uridylyltransferase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrobaculum aerophilum str. IM2 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Sakuraba, H. / Ohshida, T. / Yoneda, K. / Ohshima, T.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2020
タイトル: Unique active site formation in a novel galactose 1-phosphate uridylyltransferase from the hyperthermophilic archaeon Pyrobaculum aerophilum.
著者: Ohshida, T. / Hayashi, J. / Yoneda, K. / Ohshima, T. / Sakuraba, H.

履歴

登録	2019年6月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6k9z.ent.gz	211.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6k9z_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6k9z_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6k9z_validation.xml.gz	28.2 KB	表示
CIF形式データ	6k9z_validation.cif.gz	39.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/6k9z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/6k9z	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6k5zSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zu3-3 2a9w-2 3ugg-2 4x0l-d 6c8q-1 5k5z-2 3wwg-4 4d96-1 3cqi-d 3azq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Galactose-1-phosphate uridylyltransferase

B: Galactose-1-phosphate uridylyltransferase

ヘテロ分子

73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.188, 62.188, 308.594
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Galactose-1-phosphate uridylyltransferase 分子量: 36172.668 Da / 分子数: 2 / 変異: H140F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum str. IM2 (古細菌) 株: IM2 / 遺伝子: PAE1184 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZXN7

-
非ポリマー , 5種, 332分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 600, calcium acetate, cacodylate buffer, UDP-Glu

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月30日

放射

モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 68099 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.069 / Χ²: 0.596 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 465036

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.78-1.81	6.9	0.54	3317	0.855	0.214	0.583	0.432	100
1.81-1.84	7	0.464	3336	0.889	0.183	0.501	0.43	100
1.84-1.88	6.9	0.401	3393	0.915	0.158	0.433	0.44	100
1.88-1.92	6.9	0.316	3293	0.941	0.126	0.341	0.444	100
1.92-1.96	6.7	0.265	3383	0.954	0.107	0.287	0.45	99.9
1.96-2	6.2	0.236	3385	0.961	0.099	0.257	0.467	99.9
2-2.05	6.5	0.206	3307	0.973	0.084	0.223	0.478	100
2.05-2.11	6.6	0.168	3367	0.98	0.068	0.182	0.486	100
2.11-2.17	6.8	0.147	3333	0.986	0.059	0.159	0.486	99.9
2.17-2.24	6.6	0.129	3393	0.989	0.052	0.14	0.508	100
2.24-2.32	6.5	0.109	3362	0.991	0.045	0.119	0.525	100
2.32-2.42	6.1	0.099	3385	0.993	0.042	0.108	0.539	100
2.42-2.53	6.2	0.088	3359	0.994	0.037	0.096	0.563	99.8
2.53-2.66	6.6	0.076	3409	0.996	0.03	0.082	0.602	100
2.66-2.83	6.6	0.066	3454	0.997	0.027	0.072	0.627	99.9
2.83-3.04	6.6	0.056	3393	0.998	0.023	0.061	0.682	100
3.04-3.35	6.6	0.048	3450	0.998	0.02	0.053	0.787	100
3.35-3.83	7.4	0.041	3478	0.999	0.016	0.044	0.894	100
3.83-4.83	7.6	0.037	3531	0.999	0.014	0.04	0.932	99.9
4.83-50	8.8	0.036	3771	0.999	0.013	0.038	0.88	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6k5z

6k5z

解像度: 1.78→47.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 4.638 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.101
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1956	3456	5.1 %	RANDOM
R_work	0.173	-	-	-
obs	0.1741	64533	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 198.25 Å² / B_iso mean: 25.418 Å² / B_iso min: 5.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0.02 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.78→47.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4877	0	60	323	5260
B_iso mean	-	-	46.53	30.92	-
残基数	-	-	-	-	610

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	5074
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.017	4739
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.911	1.67	6917
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.464	1.575	11025
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.248	5	606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.118	21.739	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.045	15	834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.702	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	649
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	5539
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1033

LS精密化シェル

解像度: 1.78→1.826 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	226	-
R_work	0.227	4757	-
all	-	4983	-
obs	-	-	99.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7645	-2.4142	-0.5574	10.5813	0.9071	0.6833	0.0676	0.1117	0.0189	-0.2439	0.0591	0.3429	-0.1173	-0.2074	-0.1267	0.1198	0.0605	-0.0339	0.2097	0.0316	0.0693	19.9523	-10.3685	-27.3397
2	1.6138	0.9091	-0.2801	6.4397	3.2084	2.8763	-0.0035	0.3088	0.0058	-0.1671	-0.1549	0.1265	-0.1992	-0.4615	0.1584	0.0398	0.0815	-0.0368	0.2913	-0.0333	0.0621	14.3297	-9.1639	-22.8809
3	1.2729	0.023	-0.0022	3.1041	2.06	2.4039	-0.0008	0.0525	0.0387	0.0394	-0.2523	0.0881	-0.2459	-0.1368	0.2531	0.0932	0.0416	-0.0412	0.1584	0.0223	0.0434	21.5803	-4.753	-20.6531
4	0.9937	-0.0903	-0.2617	2.2671	0.2054	1.6588	0.001	0.0082	0.0411	-0.055	-0.0098	0.0974	-0.1215	-0.225	0.0089	0.0514	0.0373	-0.0009	0.1436	-0.0029	0.0065	24.3392	-4.2767	-15.3013
5	3.0233	2.2512	-1.2974	5.5177	-0.4212	2.0338	0.02	-0.3584	-0.5514	0.6084	0.0732	-0.6406	0.2075	0.2809	-0.0932	0.1069	0.0711	-0.068	0.1415	0.0259	0.1767	41.5191	-17.8206	-4.8132
6	0.6093	-0.0907	0.1432	1.1522	0.5217	1.0226	0.0021	0.0073	0.0649	-0.0378	0.0996	-0.0916	-0.138	0.1127	-0.1016	0.0646	-0.0011	0.0113	0.1052	-0.0267	0.0232	39.4216	-4.1749	-12.7108
7	1.0286	-0.3869	-1.3167	1.8772	0.4104	3.8064	-0.2148	0.08	0.1234	-0.2533	0.3117	-0.3015	0.007	0.0206	-0.0969	0.1399	-0.1	0.0161	0.176	-0.0804	0.0737	51.2246	-15.248	-25.2445
8	42.2006	-49.6437	-72.4002	62.1803	88.9648	128.0297	0.2746	-0.5537	-0.5291	-3.2349	-0.4814	-0.0583	-3.446	-0.0978	0.2068	2.4547	0.3897	0.2238	1.0467	0.6767	0.5235	63.9009	-12.1424	-49.0784
9	1.5731	-0.3768	0.975	1.3272	0.6976	4.112	0.0658	0.0209	0.1655	-0.176	0.1949	-0.1793	-0.2245	0.4875	-0.2608	0.0394	-0.0188	0.0521	0.1575	-0.0227	0.0834	55.569	-16.7008	-33.7654
10	1.3422	-0.1907	-0.3576	1.3603	0.2064	3.3937	0.0943	-0.0041	0.0763	-0.1306	-0.0358	-0.1884	0.0015	0.2601	-0.0585	0.0577	0.0148	0.0296	0.0738	-0.0044	0.0318	49.1266	-21.7494	-39.7752
11	1.3515	-0.4517	0.0196	1.1896	0.0201	1.439	0.0346	-0.0427	-0.1881	-0.0284	-0.0593	0.0725	0.1854	-0.1183	0.0247	0.0674	-0.0037	0.0007	0.0446	0.0008	0.0272	35.5358	-29.4896	-38.6111
12	1.0347	-0.0438	0.5948	1.6446	1.7381	4.5949	0.058	-0.0115	0.0728	-0.3977	-0.1298	0.4356	-0.5272	-0.2562	0.0718	0.1066	0.0383	-0.0759	0.0396	-0.0178	0.2044	26.48	-15.1831	-38.2728

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	39 - 67
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	68 - 91
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	92 - 152
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	153 - 183
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	184 - 316
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 35
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	36 - 41
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	42 - 91
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	92 - 152
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	153 - 273
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	274 - 313

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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